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必須標準化分析的基因表達技術

Published on May 29, 2005 at 10:21 PM · No Comments

必須在實驗室中標準化分析的基因表達技術,并且在環球支持人類基因組探險的此年齡的平臺間,俄勒岡健康 & 科學大學研究員說。

否則,使用脫氧核糖核酸微陣列,亦稱基因的科學家在 OHSU 醫學院切削,安排的風險他們的研究結果表示疑問,說彼得斯賓塞, Ph.D。,神經學教授。

斯賓塞, OHSU 中心的主任研究對職業和環境毒物學,合著與三個條款的幾個 OHSU 同事一關於本月出現於日記帳本質方法的微陣列。 他們向顯示地理分隔的多調查員合作採用公用商務,而不是自創,微陣列平臺,并且公用套程序能生成可比較的數據。

「三份文件的重點是那與當代微陣列平臺,我們有估計基因表達,我們可以在一個單個實驗室內執行那麼再現,并且我們可以確信一種近似結果是得到的一個相對地可靠方法,如果這個實驗在別處被重複」, Spencer 說。

基因籌碼包含包含在一張唯一顯微鏡幻燈片被計劃由快行機器人設備的細胞的全部的基因順序的數萬微小的小滴。 科學家確定各自的基因表達式如何通過安置脫氧核糖核酸或核糖核酸分子的複製上上下下啟用被標記的與熒光染料在這張幻燈片,和檢查束縛對一個特殊基因的分子是否打開,當用一個特殊掃描程序查看。

由詢問的千位基因立即,科學家能迅速精確定位藥物的影響的基因被測試對待心臟病、精神病、傳染病和癌症。 以前,研究員只能立即分析一些個基因,并且他們經常是不定的這些是否是重要性。

斯賓塞的組在二環境衛生 CROET 導致的科學 (NIEHS) 中心國民學院使用技術 - 一與俄勒岡州立大學和 Battelle 和平的西北國家實驗室重點在強調 Superfund 化學製品與 neurotoxic 屬性的結構; 其他與 OHSU 醫學院小兒科的部門著重 neurotoxicogenomics 和兒童健康。

Srinivasa Nagalla, M.D.,小兒科和細胞和發展生物, OHSU 醫學院副教授,導致支持本質方法發行的最初的分析複雜生物資料的學科研究。

「基因籌碼是一次革命在迅速地被希望提前對生物結構和方法的瞭解估計藥物和化學製品的活動和作用的技術」,說斯賓塞,使用脫氧核糖核酸微陣列,估計有 「數百,如果不是千位」實驗室在這個國家(地區) 周圍。

微陣列平臺進入了普遍使用大約五年前。 在這個域的先驅修建了他們自己的基因籌碼,但是這些被生成高度再現數據的更加可靠的商業平臺現在替換了。 這些中的一個由 CROET 和別的使用由 OHSU 的西方校園微陣列資源設備。

「採購將採取核糖核酸的有些複製在一個小的針的然後寫道的機器人是可能的在重複性一個載玻片,直到一個人可能加強在此玻璃列陣的數十萬個不同的地點」, Spencer 說。

但是,當商業平臺隨著時間的推移改善了,許多實驗室或 「家庭製造的」平臺沒有,他說。 「完成的研究的果子對某些早期的自創和早期的商業平臺輸入了這個文件,但是平臺不是可靠的,因為他們沒有導致再現結果」。

斯賓塞合著了本質方法學習,題為 「標準化全球基因表達分析在實驗室之間和在平臺間」,作為 Toxicogenomics 研究財團,成員學習的 NIEHS 導致的組一部分這條染色體如何在對環境致壓力素和毒藥的回應介入。

三年, NIEHS 研究比較了實驗室製造的被察覺的長的低聚核苷酸微陣列和商業上生產的長的低聚核苷酸微陣列。 二個類型在七個財團實驗室使用的 12 個微陣列平臺中表示,生成從二個標準核糖核酸表達式範例的數據,從鼠標肝臟派生的一个和被採取的其他從幾個鼠標機構組織。

根據這個研究,增殖率在平臺之間和在實驗室間一般是差的,但是在實驗室之間的增殖率巨大增加到可接受水平,當商業微陣列使用了與標準化的協議為標記核糖核酸,處理微陣列,獲取數據和其他要素。

「底線是,如果您使用商業平臺,您獲得非常數據的好多個實驗室的一貫性和相關性」, Spencer 說。 「我們現在輸入了我們可以前進確信我們把可靠的平臺的一個新的時代」。

因為科學家探討深到人和其他動物種類染色體在他們的搜尋查找治療各種各樣的疾病,并且這是特別重要的。

「人類基因組映射使這個生產這些微陣列成為可能」, Spencer 說。 「我們的利息在環境因素 - 藥物,汙染物,工作場所物質,自然毒素,食物化學製品,芬芳原材料,其他系數 - 如何影響或配合以這條染色體導致疾病。 那是大任務在我們前」。

http://www.ohsu.edu/