Ученые в Лоуренс Ливерморская Национальная лаборатория (LLNL) и Карла Линнея центр по биоинформатике (LCB) в Уппсальского университета в Швеции разработали новый метод биоинформатики для систематического анализа ключевых регионов в ДНК, которые помогают Джин деятельность управления. Совместные усилия были во главе «Фиделис» Кшиштоф в Соединенных Штатах и Ян Коморовский в Швеции.
Понимание сложных регулятивных механизмов, которые сказать генов, когда включение и выключение является одной из сложных задач, стоящих перед исследователями, пытаясь узнать, как работает жизни. "Привязки объектов", или области ДНК, которые взаимодействуют с белками, которые помогают контроль экспрессии генов, может быть на большие расстояния на ДНК пряди из генов, которые они влияют. Недавние исследования также показали, что экспрессии генов может управляться несколькими регуляторных белков, работать вместе на сочетание различных привязки объектов.
(Регуляторных белков, известных как «факторы транскрипции»; транскрипция является первым шагом в этом процессе, в котором декодируется генетической информации в ДНК в ячейке для изготовления белков, строительные блоки из жизни).
«Это трудно соблюдать экспериментально как факторы транскрипции привязку к ДНК на расстоянии от генов, или каким образом происходит регулирование,» говорит «Фиделис», вычислительная биолог в Ливерморской по бионаукам дирекции. "Но вы можете определить их привязки сайтов в промоутер или регулирования регионе-есть, как правило, некоторые из них для каждого гена. Мы хотели бы видеть, если мы каким-то образом можно вывести как много факторов транскрипции в то время, или комбинации факторов, физически идут вместе, и как эти комбинации регулируют генов. "
«Для этого» Коморовский сказал: «мы использовали машина обучения метод называется необработанных наборы для математически общие правила которые могут связать известных привязки объектов и экспрессии генов в дрожжи, который является одним из наиболее широко изучены организмов». Из анализа активности генов в различных экологических условиях команды смогли разработать свод правил для прогнозирования местоположения привязки сайта комбинации, основанные на данных выражение ограниченного привязки сайта и Джин.