研究者は遺伝子の転写を予測するソフトウェアを変更します。

セントルイスのワシントン大学でコンピューター科学者「エース」の遺伝子予測プログラムへの変更は、今科学者が遺伝子転写開始サイトの非常に始まりを予測することができますとにより、遺伝子の最初のエクソンを定義する最初のスプライスここに発生します。

遺伝子予測ソフトウェア TWINSCAN を変更 N のスキャンと呼ばれます。ブレント博士マイケル教授コンピューター科学のワシントン大学セントルイス、サミュエル ・ s ・ グロス、ワシントン大学、ランドール H. ブラウン博士、研究の科学者、学部、一緒にその結果、2005 年 5 月号ゲノム研究の報告します。N-スキャンは、人間とショウジョウバエのゲノムの転写開始サイト (TSS) と、完全な最初のエクソンの両方を見つける最高のプログラムのことを証明しています。

N-スキャン TWINSCAN に追加は、ゲノム研究の遺伝子とそのトラン スレートされていない領域で両方蛋白質シーケンスを予測して、必要な手段を生産者を提供します。近年の研究者はますます非翻訳領域の意義について熱狂的な成長しています。場合遺伝子の規制 - の詳細を理解するこれらの地域は、科学者の機能を期待を理解してどのように遺伝子のオン/オフ、点火システム私たちの DNA の取得します。

生活の基本的なマイクロ マシンは蛋白質を作るためには、ゲノムの領域がコピー、か「転写、メッセンジャー RNA （mRNA） と呼ばれる分子を形成する」。いくつかのセグメント、mRNA の [破棄され、保持のセグメントが一緒にスプライスです。遺伝学は伝統的転写タンパク質コード領域のいくつかの 100 拠点内を開始することを想定しています。ただし、既知のひと遺伝子の約 40 ％ の転写長い蛋白質コーディング領域の前に始まり。この余分な長さのトラン スレートされていない地域のほとんどが、[スプライシングの 5' 非翻訳地域 (UTR) によって破棄されます。すべて現在の遺伝子発見システム - N-スキャン - を除いて UTR スプライス サイトを無視、または正しくそれらを遺伝子予測なし-も-して業界をいくつか蛋白質のコーディング セグメントに、組み込むされません。

「私達は私達のシステムに接続のトラン スレートされていない領域を追加すると、我々 だけでなく良い予測 UTRs を取得がまた、遺伝子の蛋白質のコーディング領域予測を改善見つけた。UTRs を正しく識別することによって、それらの蛋白質のコーディング領域の一部として正しくラベル付けが済む」ブレントは、様々 な同僚と、TWINSCAN と N-スキャンの両方の開発と述べた。「これら 2 つの領域を知ること重要です。いくつかの転写を抑制する信号の転写サイトのすぐ近くに存在します。そこを発見するには、生物学の膨大な量があるし、このエリアの円高は毎日成長しています。

ゲノム研究者 15 年前ほとんどゲノムの部分はコーディング領域外注目が、彼らは 2 番目と 3 番目の考えを誘発している奇妙な関数 UTR を発見しました。

たとえば、最近は huntingtin、ハンティントンの病気と関連付けられる遺伝子が、2 番目のタンパク質セグメント発見された上流、メインの 1 つのエンコードされました。いわゆる非翻訳領域のこの蛋白質は遺伝子の調節に関与しています。変更の TWINSCAN では、人間とショウジョウバエのゲノムの両方で実行して、ブレント、同僚、既知の 6,000 を比較して、約 25,000 の転写開始サイトを予測しました。

「人間のゲノムには、我々 多くの余分なエクソン既に知られていた遺伝子またはいくつか場合は、接続の UTRs も前存在が知られていない遺伝子発見」ブレントと述べた。

システムでは、希少性、転写開始サイト近く一般的に知られて孤立」いわゆる CpG を見つける、CG のシーケンスを利用します。それもサイトを示すシーケンスのスプライスの認識のための技巧を持っています。過去の 2 年間は、TWINSCAN がされて見つけて他遺伝子予測システムを見逃している多数のゲノム遺伝子を予測します。便利なシステム - N-スキャンのに加えて、2 つのゲノム同時スキャン、スキャンする可能性を 3 つ以上強化、コーディングと非コード DNA の両方を予測するため。

」、選択肢の 1 つについての何かを学ぶことができる場合、複数選択の質問のように、他の 1 つで、により「ブレントと述べた。「見えるエクソン、遺伝子両方部分両方種類我々 は視覚障害者を変換することだこの統合モデルすることによって、複数の選択肢質問にゲーム推測 - UTR エクソン蛋白質コーディングのエクソンか？これらの質問の今すぐ答えが簡単です。」

http://www.wustl.edu/