De Wetenschappers van de Universiteit van Delaware hebben een significante vooruitgang in de studie van kleine RNA (RNAs) gemaakt, ontdekkend 10 keer meer kleine RNAs in de installatie Arabidopsis dan eerder was geïdentificeerd. De vooruitgang wordt gemeld in de 2 kwestie van Sept. van het tijdschrift van de Wetenschap.
Het onderzoek werd meer dan de cursus van het laatste die anderhalf jaar door teams van de laboratoria geleid door Pamela J. Green, Crawford H. Greenewalt Endowed Stoel in de Moleculaire Biologie van de Installatie, een gezamenlijke benoeming in het Ministerie van Installatie en Bodemkunde en de Universiteit van Mariene Studies, en Blake C. Meyers, hulpprofessor van installatie en bodemkunde in de Universiteit van Landbouw en Natuurlijke Rijkdommen worden geleid.
Om kleine RNAs te identificeren, gebruikten de wetenschappers de transcriptional profilerende Massaal geroepen technologie het Parallelle Rangschikken van de Handtekening (MPSS), die door Solexa Inc. van Hayward, Californië werd ontwikkeld.
Groen en Meyers bereidde de toepassing van MPSS op kleine RNAs in samenwerking met wetenschappers de weg in Solexa.
Groen bovengenoemd dat kleine RNAs „één van de meeste belangrijke ontdekkingen in biotechnologie in de laatste 10 jaar“ is omdat zij een belangrijke rol in het regelen van genen in zowel planten als dieren spelen.
De Deficiënties in de kleine productie van RNA kunnen een diepgaand effect bij de ontwikkeling hebben, en kleine RNAs is geassocieerd met andere belangrijke biologische processen, zoals reacties op spanning.
Bepalen van de opeenvolging van kleine RNAs van een organisme is kritiek voor het begrip van hun algemeen effect en individuele biologische rollen, bovengenoemde Meyers.
Hoewel verscheidene duizend kleine RNAs van diverse plant en dierlijke systemen zijn geïdentificeerd, werden deze opeenvolgingen geïdentificeerd gebruikend oudere technologieën die niet diep genoeg rangschikken om deze molecules op genoom-brede schaal te kenmerken. De Kwantitatieve informatie over de overvloed en de verordening van de meerderheid van kleine RNAs heeft ook ontbroken.
Met financiering van de Nationale Stichting van de Wetenschap, overwonnen de laboratoria van Groen en Meyers, die bij het Instituut van de Biotechnologie van Delaware worden gehuisvest, deze hindernissen om een doorbraak in de studie van kleine RNAs van Arabidopsis te maken.
Voorafgaand aan hun werk, hadden de wetenschappers wereldwijd in een nauwgezet langzaam en arbeid-intensief proces ongeveer 6.000 kleine RNAs van de installatie gedocumenteerd.
Meyers had RNAs in rijst en Arabidopsis gebruikend MPSS toen Groen genaderd hem over de mogelijkheid om kleine RNAs te rangschikken gebruikend de technologie MPSS gerangschikt.
„Wij wisten MPSS in het rangschikken van kleine RNAs kon werken maar wij waren niet zeker hoe het interesseren van het resultaat zou zijn,“ bovengenoemde Meyers. „Maar zodra wij de eerste volledige gegevensreeks ontvingen, zagen wij snel dat het en complexer veel rijker was dan iedereen eerder voor dit type van molecule.“ had geproduceerd
Aangezien het project vorderde, rangschikten de laboratoria ongeveer 2.2 miljoen kleine RNAs van de zaailingen en de bloemen van de installatie en identificeerden meer dan 75.000 verschillende kleine opeenvolgingen van RNA.
„Niet alleen doet MPSS verstrekken zeer diepe dekking van kleine RNAs, maar het verstrekt ook kwantitatieve informatie,“ Groene gezegd, toevoegend dat „dit toegestaan velen hoogst kleine te identificeren RNAs zich.“ regelde
Naast het zuivere aantal geïdentificeerde opeenvolgingen, zei Meyers de „grootste verrassing in de bevindingen de diversiteit.“ is Hij zei dat hun gegevens erop wezen dat de gebieden van de chromosomen waar de mensen daar hadden gespeculeerd niet veel die transcriptional activiteit is gebleken om plaatsen van enorme hoeveelheden kleine activiteit van RNA waren.