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Genomdaten enthalten möglicherweise die kleinen aber beträchtlichen Fehler

Published on February 17, 2006 at 1:20 AM · No Comments

Seit die Genomreihenfolge des bakteriellen Krankheitserreger Hämophilus-Influenzae im Jahre 1995 veröffentlicht wurde, ist der genetische Code von viel anderes großes, komplex, medizinisch und Handels- beträchtlichen Organismen einschließlich Menschen auch aufgeklärt worden.

Jedoch sind die Techniken, die verwendet werden, um diese Gensequenzen zu berechnen, unvollständig, und viele Forscher sind möglicherweise von den möglichen Fehlern öffentlich lauernd innerhalb der - erhältlichen erschienenen oder „kanonischen“ Reihenfolge ahnungslos. Wenn das Genom eines Organismus instabil variabel ist, und Neuordnungen innerhalb einer Bevölkerung oder zwischen Spannungen enthält, gibt möglicherweise es nicht wahre lineare Zelle, die für diesen Organismus gültig ist, und das Auferlegen einer linearen Reihenfolge ist möglicherweise nicht biologisch aussagefähig.

Jetzt Beherbergten Forscher an der Kalten Feder Labor und New- YorkUniversität beschreiben eine hohe Durchsatz Microarraytechnik, die miteinbezieht, viele Proben gleichzeitig zu prüfen und die verwendet werden kann, um körperliche Karten zusammenzubauen und genomische Reihenfolgeneinheiten zu validieren. Die Ergebnisse erscheinen im spätesten Punkt des Zapfens der ComputerBiologie.

Die Forschung wurde von Joseph Nach Westen, von John Healy und von Michael Wigler des Kalten Feder-Hafen-Labors und William Casey und Knospe Mishra Courant-Instituts NYUS von Mathematischen Wissenschaften geleitet. Mishra ist ein Professor der Informatik und der Mathematik am Courant-Institut und hat auch eine Verabredung in der Abteilung der Zellbiologie an Medizinischer Fakultät NYUS.

Unter Verwendung ihrer Mikroreihe Hybridationsmethode die flourescently beschriftete Stückchen vom Genom des Spaltungshefe S. pombe verwendete und prüfte, wie sie an die Fühler binden, die auf einem Objektträger gekleidet werden, waren sie, den „Abstand“ zwischen Fühlern im Genom rechnerisch zu berechnen und die Fühler entlang dem Genom zu organisieren. Die resultierende körperliche Karte des S.-pombe Genoms wurde mit der entsprechenden Karte verglichen, die öffentlich von - erhältlicher S.-pombe Reihenfolge berechnet wurde. Der Vergleich stellte dar, dass eine geringe Anzahl beträchtliche Diskrepanzen zwischen ihren Ergebnissen und dem der Karte, die von der allgemeinen Reihenfolge berechnet wurde, im Jahre 2002 freigab. Das Genom S.-pombes ist nur ungefähr 14 Million Basis lang (fast ein tausendstes des menschlichen Genoms) und wird breit ein als Goldstandard in Ganzgenom Einheit betrachtet.