세균성 병원체 혈우병균의 게놈 순서가 1995년에 간행될 후 부터, 다른 많은 크고, 복잡한, 의학으로, 및 인간을 포함하여 상업적으로 중요한 유기체의 유전 암호는 또한 설명되었습니다.
그러나, 이 유전 순서를 파생하기 위하여 이용된 기술은 불완전하, 공용 사용이 가능한 간행하는, "표준" 순서 안에서 잠복해 많은 연구원은 잠재적인 과실을 모를지도 모릅니다. 유기체의 게놈이 불안정하고, 변하기 쉽, 인구 내의 또는 긴장 사이 재배열을 포함하는 경우에, 그 유기체를 위해 유효할 아니 확실한 선형 구조가 있을지도 모릅니다, 선형 순서를 부과하는 것은 생물학으로 의미심장하다.
지금, 실험실이 찬 봄에 연구원에 의하여 정박하고 뉴욕 대학은 많은 견본을 동시에 시험하는 관련시키는 물리적인 지도를 조립하고 genomic 순서 집합을 유효하게 하기 위하여 이용되고 높은 처리량 microarray 기술을 기술합니다. 사실 인정은 컴퓨터 생물학의 전표의 최신 문제점에서 나타납니다.
연구는 조셉, 죤 Healy, 및 NYU의 수리 과학의 Courant 학회의 찬 봄 항구 실험실의 마이클 Wigler, 그리고 윌리엄 Casey와 새싹 Mishra에 의해 서쪽에 했습니다. Mishra에는 Courant 학회에와 수학 컴퓨터 과학 교수이고 또한 세포 생물학의 부에 있는 NYU의 의과 대학에 약속이 있습니다.
분열 효모 S. pombe의 게놈에서 flourescently 레테르를 붙인 단편을 이용하고 유리 슬라이드에 소집된 탐사기에 어떻게 묶는지 검토한 그들의 마이크로 소집 교잡 방법을 사용하여, 컴퓨터로 게놈에 있는 탐사기 사이 "거리"를 파생하고 게놈에 따라서 탐사기를 편성할 수 있었습니다. S. pombe 게놈의 유래 물리적인 지도는 공용 사용이 가능한 S. pombe 순서에서 계산된 대응 지도와 비교되었습니다. 비교는 2002년에 그들의 결과와 풀어 놓인 공중 순서에서 파생된 지도의 그것 사이 소수 중요한 어긋남을 보여주었습니다. S. pombe의 게놈은 오래 단지 대략 14백만개의만 기지 (거의 인간 게놈의 천번째)이고, 넓게 전체 게놈 집합에서 금 표준 생각됩니다.
저자는 적합한 실험 상태, 소집 교잡 데이터에 그것을 유일한 소집한 탐사기 사이 물리적인 거리를 설치하기 위하여 사용될 수 있습니다 보여줍니다--이 경우에는 70의 기본적인 쌍인 DNA의 순서. 70의 기본적인 쌍의 각각은 표적 유기체의 게놈에서 유일하 그 게놈에 있는 경계표로 봉사합니다. 이 탐사기는 표적 게놈에서 생기는 정확한 순서에서 mapmaker가 정확한 협조에 지리적인 지도의 3차원 연출을 상담해서 경계표를 찾아낼 수 있다 과 같은 방식으로 그 때 명령될 수 있습니다. 경계표의 쌍 사이 거리는, 또는 순서 집합을 유효하게 하고 과실이 개정을 어디에 필요로 하는지 표시하기를 위한 독립적인 방법으로 순서 집합에게 물리적인 지도를, 원조 조립하기 위하여 이용될 수 있습니다.
그들의 추정한 탐사기 지도에서 유효한 순서 집합에 데이터를 비교해서, 새로운 방법은 표준과 정확한 순서 또는 물리적인 지도 설치의 어려움으로 통찰력을 제공하고, 결합될 집합의 증가시킨 신뢰 수준을 만들기 위하여 데이터의 2가지의 모형이 수 있는 쪽을 건의합니다.
이 물리적인 지도로 나타내는 기술은 실행해 쉽 비교적 비용이 안듭니다. 확률이 높습니다 암과 자폐증과 같은 질병 관련된 유전학 연구 결과를 통해 중요한 상업적인 충격이 있는 것이. 추가적으로, 그것은 그밖에게 지도로 나타내기 보충하고 기술 (예를들면, Mishra의 광학적인 지도로 나타내는 및 연속 발전)와 암 소집 CGH 연속은 공부합니다 (Mishra의 Wigler의 예를들면, ROMA 계획사업과 다재다능한 암 게놈 분석 계획사업).
http://www.nyu.edu