Siden genomet sekvens av den bakterielle patogen Haemophilus influenzae ble publisert i 1995, den genetiske koden til mange andre store, komplekse, medisinsk og kommersielt betydelig organismer inkludert mennesker har også vært belyst.
Men de teknikkene som brukes til å utlede disse genetiske sekvensene er ufullkomne, og mange forskere kan være uvitende om mulige feil lurking innen offentlig tilgjengelig publisert, eller "kanoniske" sekvens. Dersom en organismes genom er ustabile, variable, og inneholder rearrangements innen en populasjon eller mellom stammer, kan det være noe enkelt sant lineær struktur som vil være gyldig for at organismen, og å pålegge en lineær sekvens kan ikke være biologisk meningsfull.
Nå, forskere ved Cold Spring Harbor Laboratory og New York University beskrive en høy gjennomstrømming microarray teknikk som innebærer testing av mange prøver samtidig og som kan brukes til å sette sammen fysiske kart og validere genomiske sekvensen forsamlinger. Funnene vises i siste nummer av Journal of Computational Biology.
Forskningen ble utført av Joseph West, John Healy, og Michael Wigler av Cold Spring Harbor Laboratory, og William Casey og Bud Mishra av NYU er Courant Institute of Mathematical Sciences. Mishra er professor i informatikk og matematikk ved Courant Institute og har også en avtale i Department of Cell Biology ved NYU School of Medicine.
Ved hjelp av sine micro-array hybridisering metoden, som brukes flourescently merket tekstutdrag fra genomet til spalting gjær S. pombe og undersøkt hvordan de binder seg til prober klædd på et glass lysbilde, kunne de beregningsmessig utlede "avstand" mellom sonder i genomet og organisere sondene langs genomet. Den resulterende fysisk kart over S. pombe genomet ble sammenliknet med tilsvarende kart beregnet fra offentlig tilgjengelig S. pombe sekvens. Sammenligningen viste et lite antall av vesentlige avvik mellom sine resultater, og at av kartet avledet fra det offentlige sekvens utgitt i 2002. S. pombe genom er bare om lag 14 millioner baser lang (nesten 1 / 1000 av det menneskelige genom), og er ansett å være en gull-standard i hel-genom montering.