Beberapa laporan media baru-baru telah menyertakan spekulasi tentang pentingnya mutasi pada virus H5N1 flu burung. Beberapa laporan telah menyarankan bahwa kemungkinan pandemi yang lain mungkin telah meningkat sebagai akibat dari perubahan dalam virus.
Sejak tahun 1997, ketika infeksi manusia pertama dengan virus flu burung H5N1 telah didokumentasikan, virus telah mengalami sejumlah perubahan.
Perubahan ini telah mempengaruhi pola penularan virus dan menyebar antar unggas domestik dan liar. Mereka tidak, bagaimanapun, punya dampak terlihat pada penyakit pada manusia, termasuk mode nya transmisi. Infeksi pada manusia tetap menjadi peristiwa langka. Virus tidak menyebar dengan mudah dari unggas ke manusia atau mudah dari orang ke orang.
Virus influenza secara inheren tidak stabil. Seperti virus ini kurangnya mekanisme bukti-membaca genetik, kesalahan kecil yang terjadi ketika virus salinan sendiri tidak terdeteksi dan dikoreksi. Mutasi spesifik dan evolusi dalam virus influenza tidak dapat diprediksi, sehingga sulit jika tidak mustahil untuk tahu apakah atau kapan suatu virus seperti H5N1 mungkin mendapatkan sifat yang diperlukan untuk menyebar dengan mudah dan berkelanjutan di antara manusia. Kesulitan ini ditingkatkan oleh kurangnya pemahaman tentang sekarang yang mutasi spesifik akan menyebabkan peningkatan transmisibilitas virus antara manusia.
Hampir semua subtipe yang dikenal virus influenza A beredar di beberapa burung liar, unggas air liar terutama. Dalam burung, virus yang berbeda constantly berbaur dengan setiap materi genetik lain dan sering bertukar, sehingga kolam besar terus-menerus viruses berubah. Mutasi dan acara reassortment umumnya diamati pada populasi burung yang terkena.
Pada hewan, beberapa perubahan terbaru dalam evolusi virus H5N1 tampaknya telah membuat lebih sulit upaya pengendalian dan penyebaran internasional lebih lanjut virus di burung lebih mungkin. Perubahan tersebut sepenuhnya dimengerti, terutama mengingat jumlah yang sangat besar burung yang telah terinfeksi dengan virus H5N1 dan interaksi yang sering antara terinfeksi bebas mulai unggas dan unggas air liar.
Penelitian telah menunjukkan bahwa virus H5N1 dari wabah saat ini, bila dibandingkan dengan virus dari tahun 1997 dan 2003, telah menjadi semakin lebih mematikan pada ayam dan tikus eksperimen yang terinfeksi, dan juga keras, bertahan beberapa hari lebih lama di lingkungan. Penelitian lain menunjukkan bahwa virus ini belum sepenuhnya disesuaikan dengan unggas dan terus berkembang.
Bebek domestik telah memperoleh kemampuan untuk melawan penyakit yang disebabkan oleh beberapa strain, dan sekarang mampu mengeluarkan jumlah besar virus yang sangat patogen tanpa menunjukkan tanda-tanda peringatan penyakit. Di negara-negara endemik, peran itik dalam negeri berubah sekarang diperkirakan untuk berkontribusi pelestarian dari siklus transmisi. Penelitian yang dilakukan di Asia Tenggara baru-baru ini menunjukkan bahwa garis keturunan yang berbeda beberapa dari virus H5N1 telah menjadi mapan pada unggas di wilayah geografis yang berbeda, menunjukkan jangka panjang endemisitas virus di bagian Asia. Penelitian itu juga terdeteksi virus yang sangat patogen H5N1 pada burung yang bermigrasi tampak sehat.