De Wetenschappers bij het Nationale Laboratorium van Brookhaven van het Ministerie van de V.S. van Energie hebben een nieuwe, hoog-productietechniek ontwikkeld om de vele species van micro-organismen te identificeren levend in een onbekende „microbiële gemeenschap.“
De methode, die in de kwestie van Maart 2006 van de Toegepaste MilieuMicrobiologie wordt beschreven, heeft vele toepassingen -- van de beoordeling van van de microben huidig in milieusteekproeven en het identificeren van species nuttig voor schoonmakenverontreiniging aan het identificeren van ziekteverwekkers en het onderscheiden van onschadelijke bacteriën van potentiële bioterreurwapens.
De „Microbiële gemeenschappen zijn enorm divers en complex, met honderden species per milliliter water of duizenden per gram grond,“ bovengenoemde Brookhaven bioloog Daniel (Niels) van der Lelie, hoofdauteur van de studie. „Nader Toelichten van deze ingewikkeldheid is essentieel als wij het spel van rollenmicroben in globale cycli willen volledig begrijpen, van hun enorme metabolische mogelijkheden, gebruik maken of gemakkelijk potentiële bedreigingen voor volksgezondheid.“ identificeren
Kweken van culturen van microben om species te identificeren is langzaam en feilbaar als het scherm uit belangrijke leden van cultuurvoorwaarden vaak van de gemeenschap. Rangschikkend volledige genomen, terwijl hoogst specifiek en informatief, ook intensief en dure arbeid - zou zijn. Zo hebben de wetenschappers gezocht naar manieren om zeer belangrijke segmenten van genetische code te identificeren die kort genoeg snel worden gerangschikt zijn en gemakkelijk onder species kunnen onderscheiden.
Het team Brookhaven heeft enkel zulk een techniek ontwikkeld, die zij „het enige de handtekening van het puntgenoom etiketteren.“ roepen Gebruikend enzymen die specifieke opeenvolgingen in de genetische code erkennen, hakken zij de microbiële genomen in kleine segmenten die herkenningstekengenen gemeenschappelijk voor alle microbiële species, plus genoeg unieke genetische informatie bevatten om de microben apart te vertellen.
In één voorbeeld, snijden de wetenschappers en verbinden stukken van DNA om „markeringen“ te produceren die „stroomopwaarts“ 16 „brieven“ van genetische code enigszins van bij het begin van het gen bevatten dat codes voor een stuk van het ribosoom -- het hoogst gen behouden van de „enig punt“ verwijzing. Door deze markeringen te rangschikken en de gerangschikte code te vergelijken met gegevensbestanden van bekende bacteriële genomen, bepaalde het team Brookhaven dat deze specifieke 16 brievenregio genoeg unieke genetische informatie bevat om alle communautaire leden aan de soort niveau, en meesten op het speciesniveau neer met succes te identificeren eveneens.