Wissenschaftler am Brookhaven National Laboratory der US Department of Energy haben entwickelt eine neue, Hoch-Durchsatz Technik zum Identifizieren der vielen Arten von Mikroorganismen Leben in einem unbekannten "mikrobiellen Gemeinschaft."
Die in der Ausgabe März 2006 angewendet Umwelt Mikrobiologie, beschriebene Methode hat viele Anwendungen--aus Bewertung die Mikroben in Umweltproben vorhanden und Identifizieren von Arten nützlich für das Bereinigen der Kontamination zu ermitteln Krankheitserreger und harmlose Bakterien von potenziellen tuberculosis Waffen unterscheiden.
"Mikrobielle Gemeinschaften sind enorm vielfältig und komplex, mit Hunderten von Arten pro Milliliter Wasser oder Tausende pro Gramm Boden," sagte Brookhaven Biologe Daniel (Niels) van der Lelie, führender Autor der Studie. "Die Komplexität ist wesentlicher wenn wir verstehen, dass die Rollen Mikroben in globalen Zyklen, spielen wollen nutzen Sie ihrer enormen metabolischen Fähigkeiten, oder leicht identifizieren potenzielle Bedrohungen für die menschliche Gesundheit."
Kulturen von Mikroorganismen Arten identifizieren wächst langsam und fehleranfällig als die Kulturbedingungen Bildschirm oft aus wichtige Mitglieder der Gemeinschaft. Sequenzierung ganzer Genome, während hoch differenzierte und aussagekräftige, würde sein zu Arbeit intensiv und kostspielig. So Wissenschaftler haben auf der Suche nach Möglichkeiten, um Schlüsselsegmente des genetischen Codes identifizieren, kurz genug, um schnell sequenziert werden und können leicht zwischen den Arten unterscheiden.
Brookhaven Team hat so eine Technik entwickelt, die sie nennen "Einzelpunkt-Genom Signatur kennzeichnen." Mit Enzymen, die spezifische Reihenfolgen in den genetischen Code erkennen, hacken sie mikrobieller Genome in kleine Segmente, die Bezeichner für alle mikrobielle Spezies sowie genügend charakteristische genetische Information zu sagen, die Mikroben auseinander Gene enthalten.
Ein Beispiel, die Wissenschaftler geschnitten und Klebemakulatur Stücke von DNA zu produzieren "Tags", die 16 "Briefe" des genetischen Codes etwas "oberhalb" vom Anfang des Gens, die für codes enthalten ein Stück des Ribosoms--stark konservierte "single Point" gen verweisen. Durch Sequenzierung diese Tags und den Vergleich des sequenzierten Codes mit Datenbanken von bekannten Bakteriengenome, bestimmt das Team Brookhaven , dass dieser bestimmten Region 16 Buchstaben genug charakteristische genetische Information zu erfolgreich identifizieren alle Gemeinschaftsmitglieder auf die Gattungsebene, und die meisten Arten sowie enthält.