Gli Scienziati al Dipartimento Per L'Energia di Stati Uniti il Laboratorio Nazionale del Brookhaven Hanno sviluppato un nuovo, tecnica di alto-capacità di lavorazione per l'identificazione delle molte specie di microrganismi che vivono “in una comunità microbica sconosciuta.„
Il metodo, descritto nell'emissione Del marzo 2006 di Microbiologia Ambientale Applicata, ha molte applicazioni -- dalla valutazione dei microbi presenti in campioni ambientali e specie dell'identificazione utili per pulire la contaminazione all'identificazione degli agenti patogeni ed a distinguere i batteri inoffensivi dalle armi potenziali di bioterrore.
“Le comunità Microbiche sono enorme diverse e complesso, con le centinaia di specie per millilitro di acqua o migliaia per grammo di terreno,„ ha detto il biologo Daniel (Niels) van der Lelie, autore principale di Brookhaven dello studio. “Delucidare questa complessità è essenziale se vogliamo completamente capire il gioco dei microbi di ruoli nei cicli globali, usa le loro capacità metaboliche enormi, o identifichi facilmente le minacce potenziali contro le sanità.„
La Coltura delle culture dei microbi per identificare le specie è lenta e soggetta a errori poichè gli stati della cultura schermano spesso fuori i membri importanti della comunità. L'Ordinamento dei genoma interi, mentre altamente specifico ed informativo, sarebbe troppo ad alto contenuto di manodopera e costoso. Così gli scienziati stanno cercando i modi identificare i segmenti chiave del codice genetico che sono abbastanza brevi essere ordinati rapido e possono distinguere prontamente fra le specie.
Il gruppo di Brookhaven ha sviluppato appena una tal tecnica, che chiamano “etichettatura unica dell'impronta del genoma.„ Facendo Uso degli enzimi che riconoscono le sequenze specifiche nel codice genetico, tagliano i genoma a pezzi microbici nei piccoli segmenti che contengono i geni dell'identificatore comuni a tutte le specie microbiche, più abbastanza informazioni genetiche uniche per dire i microbi a parte.
In un esempio, gli scienziati tagliano ed impiombano i pezzi di DNA a prodotti “etichetta„ che contengono 16" segnano„ del codice genetico piuttosto “a monte„ dall'inizio del gene quel i codici con lettere per un pezzo del ribosoma -- il gene “unico„ altamente conservato di riferimento. Ordinando questi tag e paragonando il codice ordinato ai database dei genoma batterici conosciuti, il gruppo di Brookhaven ha determinato che questa regione specifica di 16 lettere contiene abbastanza informazioni genetiche uniche per identificare con successo tutti i membri della comunità giù al genere livello e la maggior parte alle specie livellate pure.