染色体用于的签名标记迅速识别和区分在病原生物和无害的微生物之间

美国能源部的科学家 Brookhaven 国家实验室开发了新，识别居住在未知的 “微生物社区的微生物的许多种类的高处理量技术”。

这个方法，描述在应用的环境微生物学的 3月 2006 问题，有许多应用 -- 从估计微生物请存在环境范例和识别种类有用为清扫污秽对识别病原生物和区分无害的细菌与潜在的生化恐怖武器。

“微生物社区是极大不同的，并且复杂，与数百每毫升水或千位的种类每克土壤”，主要作者说 Brookhaven 生物学家丹尼尔 (尼尔斯) van der Lelie，这个研究的。 “阐明此复杂是重要的，如果我们要充分地了解在全球循环的角色微生物作用，利用他们的极大新陈代谢的功能，或者请容易地识别对人类健康的潜在的威胁”。

因为文化条件经常筛选出这个社区的重要成员识别种类的微生物生长文化是慢和易出错的。 排序整个染色体，当高度特定和情报，是太劳动密集型和昂贵的。 因此科学家搜索方式识别是足够短的迅速地排序并且可能在种类中容易地区分基因代码的关键细分市场。

Brookhaven 小组开发了这样一个技术，他们称 “单点染色体签名标记”。 使用认可在这个基因代码的特定顺序的酵素，他们砍微生物染色体到包含标识基因公用对所有微生物种类的小的细分市场，加上足够的唯一基因信息分开告诉微生物。

在一个示例中，科学家削减并且接合包含 16" 在”基因代码有些 “向上游”从最初该这个的基因核糖体的部分的编码上写字脱氧核糖核酸的部分对产物 “标记” -- 高度被保存的 “单点”参考基因。 通过排序这些标签和这个序列码与已知的细菌染色体比较数据库， Brookhaven 小组确定此特定 16 信函区域包含足够的唯一基因信息顺利地识别所有社区成员下来到属级别和多数对级这个的种类。

“排序是消耗大的，因此越短部分您能排序，并且仍然获得有用的信息，越好”， van der Lelie 说。 “实际上，因为这些标签是很短的，我们 ‘一起胶合’一次排序所有的 10 到 30 他们，做这一个非常有效率，有效技术”。

对不可能被符合到一条已经排序的细菌染色体的标签顺序 (哪些那里是仅夫妇一百)，科学家能使用这个标签作为初级读本排序整个附上核醣体的基因。 此基因长期是大约 1400 份基因编码信函，因此这是一项更加费时和更加消耗大的任务。 但是，因为核醣体的基因从超过 100,000 个细菌种类排序并且编目了，这 “ribotyping 的”技术利用比较的一个浩大的数据库。

“如果仍有没有符合”， van der Lelie 说， “然后这个标签很可能识别一个全新的种类，也是非常有趣!”

在与可能的申请的另一个测试对识别用于生化恐怖攻击的作用者，这个技术明显地也歧视了在之间蜡脂杆菌、致病性土壤微生物和炭疽杆菌，炭疽病的细菌原因密切相关的张力。

此技术可能也帮助估计微生物社区构成如何回应在这个环境上的变化。 这样信息也许帮助识别种类的哪些组合将最适合于对隔离碳或清扫放射学污秽。

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