Forskare på U.S.-Avdelningen av Energis Laboratoriumet för den Brookhaven Medborgare har framkallat ett nytt, dengenomgång tekniken för att identifiera den många arten av microorganisms som bor i en okänd ”mikrobiell gemenskap.”,
Metoden som beskrivas i Mars 2006, utfärdar av Applied Miljö- Microbiology, har många applikationer -- från att bedöma microbesgåvan i miljö- tar prov och att identifiera art som är användbar för lokalvård upp förorening till att identifiera pathogens och att skilja oskadliga bakterier från potentiella bioterrorvapen.
”Är Mikrobiella gemenskaper oerhört olika och komplexa, med hundratals art per milliliter av bevattna, eller tusentals per gram av smutsar,”, sade den Brookhaven biologen Daniel (Niels) skåpbil der Lelie, leder författare av studien. ”Nödvändigt det är att Belysa denna komplexitet, om vi önskar fullständigt att förstå att rollmicrobesleken i globalt cyklar, gör bruk av deras jättelika metabolic kapaciteter, eller identifiera lätt potentiella hot till den vård- människan.”,
Att Växa kulturer av microbes som identifierar art, är långsamt och det benägna felet -, som kulturen villkorar, avskärma ofta ut viktiga medlemmar av gemenskapen. Fördriva högt specifikt och informativt, skulle var för arbetsintensiv och dyr, Ordna hela genom. Så har forskare sökt för att väg ska identifiera nyckel- segmenterar av genetisk kod som är kort nog att ordnas snabbt och kan klart skilja bland art.
Det Brookhaven laget har framkallat en precis sådan teknik, som de appellen ”singel pekar att märka för genomhäfte.”, Genom Att Använda enzym, som känner igen, ordnar närmare detalj i genetisk kod, dem hugger av de mikrobiella genom in i lilla segmenterar, som innehåller filnamngener vanligt till all mikrobiell art, plusen nog unik genetisk information för att berätta microbesna ifrån varandra.
I ett exempel lappar den forskaresnittet och splitsen av DNA till jordbruksprodukter ”märker” som innehåller 16" märker” av genetisk kod något ”upstream” från början av genen, som kodifierar för en lappa av ribosomen -- den högt bevarade ”singeln pekar” hänvisar till genen. Genom att ordna, märker dessa, och jämföra ordnad kodifiera med databaser av bekant bakterie- genom, det beslutsamma Brookhaven laget som dessa specifika 16 märker region innehåller nog unik genetisk information lyckat för att identifiera all gemenskap som, medlemmar besegrar till den jämna genusen, och mest till arten jämnar som väl.