Cornell eksperci w obliczeniowej biologii i bioinformatics robili kluczowym wkładom analiza genom rhesus makak, lepiej znany jako rhesus małpa.
Cornell badacze byli częścią konsorcjum niektóre 200 naukowów czyj praca donosi w specjalnej sekci Kwietnia 13 zagadnienie czasopismo nauka. dookoła świata
Rhesus makak jest physiologically jednakowy istoty ludzkie i tym samym powszechnie używany w badania medyczne w krowiankowy testowanie i jako model dla pomocy, szczególnie bada. (Macaca mulatta) Rozumiejący swój genom i obiecuje oferować nowych wgląd w ewolucję, znacząco następstwa dla badania medyczne i. jak ono odróżnia się od to istoty ludzkie istoty ludzkie i inni prymasy(widzii dwa opowieści below).
Po tym jak makaka genom uporządkowywał w 2005, dodatkowi naukowowie wliczając Cornell drużyny, rekrutowali analizować rezultaty. Richard Gibbs Baylor szkoła wyższa medycyna nadzorował całkowitego projekt. Praca przy Cornell wykonywał głownie grupami naukowa pod Adam Siepel i Carlos Bustamante, asystenci profesora biologiczne statystyki i obliczeniowa biologia z pomocą od Andrew Clark, profesor cząsteczkowa biologia i genetyka. Analizować genom który składać się z 2,9 miliard DNA bazy pary, używali oddanego obliczeniowego biologii grono przy Cornell teorii centrum badacze, superkomputer z 1.234 równoległymi procesorami.
Siepel's grupowi studiujący geny które znajdowali być pospolici istoty ludzkie, makaki i szympansy. (szympansa genom uporządkowywał w Wrześniu 2005.) Utożsamiali 10.376 genów czyj funkcja przynajmniej stronniczo zna i patrzeje dla różnic, które pokazywali jak ewolucja rozwijał się.
"Zanim ten papier, analizy ten rodzaj skupiał się na istocie ludzkiej i szympansie, i są w ten sposób zamknięci że ono ciekawiący no jest jak," Siepel mówi. "makak daje my zdolność sensitively wykrywa subtelnego naturalna selekcja naciska."
Porównywać geny które mieli 25 milion rok zmieniać badacze (jak porównany z 6 milion rok przerwą między istotami ludzkimi i szympansami) mogą uczyć się coś o jak, dlaczego i tamte zmiany wziąć miejsce.
Przez czas, małe zmiany w genach zdarzają się przypadkowo bez zmieniać amino kwasy, często -- proteinowi elementy -- dla co szyfrują geny. Siepel's grupa używał te zmiany gdy wskaźnik ile przypadkowej zmiany musi oczekiwać nad 25 milion rok. Wtedy patrzeli zmiany które kodowali dla różnego amino kwasu, który można powodować zmianę w funkci, i porównywali te z oczekiwać przypadkowym tempem zmiana.
"Dokąd amino kwasy zmieniali bardziej niż ty oczekiwałeś ja jest ewentualnym naturą odpowiadał niektóre środowiskowy skutek," Siepel wyjaśnia. Na przykład badacze zakładają najwięcej dowodu dla pozytywnego wyboru w genu cyfrowaniu dla keratyny, proteina wymagająca w formaci włosiani dyszle. Być może są mniej kosmate istoty ludzkie niż małpy przez antycznej zmiany klimatu lub niektóre przesunięcia w standardach szturmanu wybór badacze spekulują. Inni geny które wydają się wybierający dla przez lata zawierają kilka wymagających w systemu odpornościowego i błony sygnalizuje systemach.
Na średnia badacze mówją, geny w szympansów genomach i istocie ludzkiej rozwijali wartko w innych prymasach niż, po przystosowywać dla przypadkowych temp zmiana. I porównania z genomami ślepuszonek i psów przedstawienie że prymasów geny rozwijali wartko niż tamto w tamte zwierzętach które rozszczepiają daleko ewolucyjnego drzewa nawet wczesnego.,
Nikt zakłada jakaś "dużych móżdżkowych geny," Bustamante dowcipy. Wiele fizjologiczne różnicy mogą kontrolujący wykonawczymi sekwencjami które obracają innych geny z przerwami, on wyjaśniają, i nauka no zawrzeć tamte sekwencj.
Siepel's grupa także analizował geny które powielają w kilka różnych lokacjach na genomu. Wycelowali wewnątrz na rodzinie geny znać jako PRAME które są aktywni w komórkach nowotworowych i wydają się wymagający w formaci sperma. (preferentially wyrażający czerniak antygen) Istoty ludzkie przynajmniej 26 kopii. Porównanie z mysz genomem sugeruje że tam był wystrzykanie powielanie ten gen w prymas ewoluci wcześnie, i porównanie z makakiem pokazuje innego wystrzykanie kopiowanie w, z wielkim powielaniem i z dowodem dla pozytywnego wyboru w istotach ludzkich istotach ludzkich i szympansach. To sugeruje badacze mówją, że PRAME rodzina bawić się znacząco rola w ludzkiej ewoluci.
Bustamante's grupa studiował różnicy wśród makaka genomu -- sposoby w których odróżniają się od jeden inny jednostki wśród gatunków. Podczas gdy zupełny genomu uporządkowywać makak zrobił z DNA pojedyncza jednostka, dato che studia różnica badacze przy Baylor także uporządkowywali część genomy 16 innych makaków, osiem od Chiny i osiem od India, i celowali pięć regionów genom dla głębokiej analizy, uporządkowywa tamte regiony w świetnym szczególe w 47 jednostkach.