Een interactieve "supermap" die de mutaties en de verspreiding van de vogelgriep wereldwijd na verloop van tijd portretteert moet helpen onderzoekers en beleidsmakers beter begrijpen van het virus en anticiperen op verdere uitbraken, volgens een nieuwe studie waarbij onderzoekers van de Universiteit van Colorado in Boulder en Ohio State University.
Het onderzoeksteam gebruikte gegevens uit de bekende evolutie en verspreiding van de vogelgriep, bekend als H5N1, maken een routekaart van virale verspreiding in tijd en ruimte, zei CU-Boulder ecologie en evolutiebiologie assistent-Professor Robert Guralnick, een studie mede-auteur. Het team genetische en geografische informatie naar een interactieve wereld met behulp van Google Earth-technologie, waarmee gebruikers vrijwel vliegen rond de planeet en analyseren van bewegingen en veranderingen in het genoom, geprojecteerd of genetische blauwdrukken, van bekende vogelgriep virusstammen die hebben gesequenced aangezien het virus werd voor het eerst ontdekt in Guangdong, China, in 1996.
De onderzoekers de nieuwe technologie gebruikt om de verspreiding van H5N1 door Azië, Indonesië, het Midden-Oosten en Europa door verschillende hosts, met inbegrip van het vervoer door bepaalde orders van vogels en zoogdieren, grafiek zei CU-Boulder afgestudeerde student Andrew Hill, een studie mede-auteur. Ze ook de supermap gebruikt om bij te houden van belangrijke genetische eigenschappen overwegend in sommige vogelgriep genomen die worden weergegeven om te verlenen de mogelijkheid van H5N1 te infecteren gemakkelijker zoogdieren, inclusief mensen, zei hij.
"Dit is een volledig nieuwe methode te integreren en delen van kennis over ziekte verspreiden, geven mensen een snelle en gemakkelijke manier om gevoel van de veranderingen," zei Hill, chief architect van het gedeelte van de visualisatie van het project onderzoek in samenwerkingsverband. Een papier door een team geleid door Daniel Janies van Ohio State University en waarbij Guralnick, Hill en American Museum of Natural History onderzoekers Eric Waltari en Ward Wheeler wordt gepubliceerd in het aprilnummer van systematische biologie.
Zoals de legende van een routekaart, kleuren en symbolen op de supermap aangeven welke typen hosts voeren het virus of de distributie van genotypen van belang, Hill zei. "Hierdoor ons voor het testen van hypothesen over de geografische verdeling van de stammen die bevatten wat laboratorium studies hebben voorgesteld zijn de belangrijkste genotypen waarmee aviaire stammen van het influenzavirus te infecteren zoogdieren," Hill zei.
Het team studeerde genomic sequencedata van 351 verschillende stammen van de vogelgriep verzameld in het veld, zei Guralnick, die is ook Curator van ongewervelde zoölogie aan de Universiteit van Colorado Museum. Een klik door gebruikers op virale "isolaten" genereert windows computer onthullen diagnostische mutaties die uniek maken van elke stam, en door de computer aan de National Institutes of Health van GenBank, een database met meer dan 75 miljoen reeks records wordt de informatie gekoppeld.
Als onderdeel van de inspanning, het team keek naar twee belangrijke eiwitten gevonden op het oppervlak van H5N1 stammen bekend als hemaglutinin, of HA, en neuraminidase of NA. Wetenschappers denken dat als een virulente stam van H5N1 zich aanpast om te slagen bij mens-to-human transmissie, het zou waarschijnlijk betrekken mutaties door de twee proteïnen, zei Guralnick. Geen mutaties gekoppeld nb en HA werden gekoppeld aan elke specifieke vogel of zoogdier host, zei hij.