Взаимодействующее «supermap» которое портретирует перегласовки и распространение птичего гриппа вокруг глобуса над временем должно помочь исследователям и тот, кто принимает решения более лучше понять вирус и предвидеть более дополнительные вспышки, согласно новому изучению включая Университет Колорадо на Боулдер и исследователей Государственного Университета Огайо.
Научно-исследовательская группа использовала данные от известных развития и распространения птичего гриппа, известные, что как H5N1, создала дорожную карту вирусного распространения в времени и пространстве, говорила Ассистента Профессора Роберт Guralnick экологичности CU-Боулдера и постепеновской биологии, соавтор изучения. Команда запроектировала генетическую и географическую информацию на взаимодействующий глобус используя технологию Google Earth, позволяющ пользователям лететь фактически вокруг планеты и проанализировать движения и изменения в геномах, или генетическим светокопиям, известных sub-напряжений птичего гриппа которые были sequenced в виду того что обнаружил вирус сперва в Гуандуне, Китае, в 1996.
Исследователя использовали романную технологию для составления схемы распространения H5N1 через Азию, Индонезию, Средний Восток и Европа различным хозяином, включая свой переход специфическими заказами птиц и млекопитающих, сказала Холм Андрю аспиранта CU-Боулдера, соавтор изучения. Они также использовали supermap для того чтобы отслеживать ключевые генетические черты превалирующие в некоторых геномах птичего гриппа которым покажитесь, что посовещаться способность H5N1 к более охотно заразите млекопитающие, включая людей, он сказал.
«Это вполне новый метод интегрировать и знание о распространении заболеванием, дающ людям быструю и простой способ для того чтобы сделать чувство изменений,» сказал Холм, главный архитектор части визуализирования сотруднического научно-исследовательского проекта. Бумага командой водить Даниелем Janies Государственного Университета Огайо и Guralnick включать, Холмом и Американским Музеем исследователей Эрика Waltari Естественной Истории и Уилера Палаты опубликовывается в вопросе в Эйприле Систематической Биологии.
Как сказание дорожной карты, цветы и символы на supermap показывают которые типы хозяина носят вирус или распределение генотипов интереса, сказали Холм. «Это позволяет нам проверить предположения на территориальном распределении напряжений которые содержат какие изучения лаборатории предлагали ключевые генотипы которые позволяют птичий напряжениям вируса гриппа заразить млекопитающие,» Холм сказали.
Команда изучила genomic данные по последовательности от 351 различного напряжения птичего гриппа собранного в поле, сказала Guralnick, которое также Куратор Зоологии Беспозвоночных на Университете Музея Колорадо. Щелчок пользователями на вирусных «изолятах» производит окна компьютера показывая диагностические перегласовки которые делают каждое напряжение уникально, и информация соединена компьютером к Национальным Институтам GenBank Здоровья, базе данных содержа больше чем 75 миллионов показатели последовательности.
Как часть усилия, команда посмотрела 2 ключевых протеина найденный на поверхности напряжений H5N1 известных как hemaglutinin, или HA, и нейраминидазу, или NA. Научные Работники думают если вирулентное напряжение H5N1 приспосабливается для того чтобы преуспеть на от человека к человеку передаче, то, оно вероятно включили бы перегласовки 2 протеинами, сказали Guralnick. Никакие перегласовки связанные с NA и HA не были соединены к любой специфической птице или хозяин млекопитающего, он сказал.