De Wetenschappers hebben hier een nieuwe, interactieve kaart van de verspreiding van het vogelgriepvirus (H5N1) ontworpen dat voor het eerst genetisch opneemt, geografische en evolutieve informatie die kan helpen voorspellen waar de volgende uitbarsting van het virus waarschijnlijk zal voorkomen.
In het proces, testten zij ook hypothesen over de aard van specifieke spanningen van het virus die rubriek schijnen te zijn westelijk en de capaciteit te hebben om mensen te besmetten.
Een team van biomedische die deskundigen, door Daniel Janies wordt geleid, een hulpprofessor in het Ministerie van biomedische informatica, gebruikte speciale software om een evolutieve boom van de veranderingen van het virus te creëren. Zij gebruikten de Taal van de Prijsverhoging van het Sleutelgat in Google Earth om de boom op de bol te ontwerpen en verkozen toen kleuren en symbolen om op verschillende gastheren te wijzen die het virus dragen en waar zij leven. TimeSpan, een andere functie in Google Earth, stond hen toe om de verspreiding van het virus tijdens het afgelopen decennium te animeren.
De kaart is propvol van extra informatie. Het Klikken op een specifiek viraal subtype produceert een popup venster dat kenmerkende veranderingen openbaart die één spanning van het virus van een andere onderscheiden, en alle gegevens zijn verbonden met het Nationale Instituut van GenBank van de Gezondheid.
De „kaart geeft ons een gehele nieuwe manier om het virus in actie te zien en te begrijpen wat is het en niet doet,“ zegt Janies. „Het heeft ons toegelaten om bevindingen over virussen in de echte wereld tegen reeds bestaande hypothesen over de verspreiding van te vergelijken H5N1 die uit laboratoriumstudies.“ komen
De studie lijkt online deze week in de kwestie van April van Systematische Biologie.
Het vogelgriepvirus werd eerst erkend in wilde aquatische vogels in Guangdong, China in 1996. Het spreidde toen aan kippen en mensen in Hong Kong uit het volgende jaar. Vanaf 1997 tot 2005, kwam het in verscheidene Zuidoostaziatische landen te voorschijn en spreidde via veelvoudige gastheren in heel centraal en zuidelijk China, Rusland, het Midden-Oosten en India uit. Tot op heden, zijn de extra uitbarstingen gemeld als ver westen als Europa en Afrika en als Verre Oosten als Japan, Korea en Indonesië.
Bij het creëren van supermap, bestudeerden de onderzoekers genetische gegevens van 351 isolates van het virus. Zij waren vooral geinteresseerd in het ontdekken als bepaalde gastheren specifieke vormen van het virus droegen en dat de virussen specifieke veranderingen toelatend transmissie aan mensen droegen.
„Wij vonden de visualisatie van veelvoudige lagen van informatie zeer nuttig in het produceren van hypothesen wij door statistische analyse van de veranderingsgegevens konden testen die wij ons in de evolutieve boom hebben georganiseerd,“ zegt Janies. De „bevindingen hielpen ons begrijpen of veranderingen die om met bepaalde gastheren schijnen worden geassocieerd of de geografische gebieden toevallig verschenen, of of zij ware aanpassingen van het virus waren aangezien het.“ uitspreidde
De virussen van de Griep zijn geclassificeerd volgens verscheidene criteria: of zij uit dieren of mensen, en de activiteit van twee zeer belangrijke proteïnen komen die op de oppervlakte van het virus zitten, hemaglutinin (HA), en neuraminidase (NA). HA helpt het virus aan een gastheercel „plakken“ en het besmetten; NA helpt de virusvlucht van de cel en verspreiding aan andere cellen en gastheren. In Het Verleden, stelden de wetenschappers een hypothese op dat als een spanning van het virus die toegelaten human-to-human transmissie te voorschijn kwam, het waarschijnlijk veranderingen in deze twee proteïnen zou impliceren.
Janies en zijn collega's vonden geen genotypen aan veranderingen in deze twee oppervlakteproteïnen verbonden die beduidend met om het even welk specifiek type van gastheer werden geassocieerd. Zij, echter, vonden een sterke vereniging tussen een specifiek genotype (lysine-627 in de polymerase basisproteïne van het virus) en zoogdiergastheren op het gebied.
„Terwijl dit genotype niet exclusief aan zoogdieren is, denken wij het belangrijk is om te volgen hoe deze bepaalde verandering omdat het in muizen zo besmettelijk en dodelijk schijnt te zijn,“ zegt Janies uitspreidt.