Wissenschaftler hier haben eine neue, interaktive Karte der Verbreitung des Vogelgrippevirus (H5N1) konstruiert das enthält zum ersten Mal die genetischen, geographischen und Evolutionsinformationen, helfen die möglicherweise vorauszusagen, wo der folgende Ausbruch des Virus wahrscheinlich ist aufzutreten.
Im Prozess prüften sie auch Hypothesen über die Art von spezifischen Virusstämmen, die scheinen, nach Westen voranzugehen und die Fähigkeit haben, Menschen zu infizieren.
Ein Team von biomedizinischen Experten, geführt von Daniel Janies, ein Assistenzprofessor in der Abteilung der biomedizinischen Informatik, verwendete spezielle Software, einen Evolutionsbaum der Veränderungen des Virus herzustellen. Sie verwendeten Schlüsselloch-Auszeichnungssprache in Google Earth, um den Baum auf die Kugel vorzustehen und beschlossen dann Farben und Symbole, um anzuzeigen verschiedene Hauptrechner, die das Virus tragen und wo sie leben. Zeitspanne, eine andere Funktion in Google Earth, sie erlaubt, zum der Verbreitung des Virus in den letzten zehn Jahren zu beleben.
Die Karte ist von der zusätzlichen Information gepfropft. Das Klicken auf ein spezifisches Virenformationsglied erzeugt ein Popup- Fenster, das Diagnoseveränderungen aufdeckt, die einen Virusstamm von anderen unterscheiden, und alle Daten werden mit dem Nationalen Institut vom GenBank der Gesundheit verbunden.
„Die Karte gibt uns eine ganze neue Methode des Sehens des Virus im Vorgang und verstehend, was es ist und nicht tut,“ sagt Janies. „Es hat uns aktiviert, Ergebnisse über Viren in der wirklichen Welt gegen bereits bestehende Hypothesen über die Verbreitung von H5N1 zu vergleichen, die kommen von den Laboruntersuchungen.“
Die Studie erscheint Onlinediese woche im April-Punkt der Systematischen Biologie.
Das Vogelgrippevirus wurde zuerst in den wilden Wasservögeln in Guangdong, China im Jahre 1996 erkannt. Es breitete dann zu den Hühnern und zu den Menschen in Hong Kong das folgende Jahr aus. Ab 1997 bis 2005, tauchte es in einigen Südostasiatischen Ländern und Verbreitung über mehrfache Hauptrechner in Mittel- und Süd-China, Russland, das Mittlere Osten und Indien auf. Bis jetzt sind zusätzliche Ausbrüche als weit nach Westen als Europa und Afrika und als Ferner Osten als Japan, Korea und Indonesien berichtet worden.
Wenn sie das supermap erstellten, studierten Forscher genetische Daten von 351 Isolaten des Virus. Sie waren besonders interessiert, an, zu entdecken, wenn bestimmte Hauptrechner spezifische Formulare des Virus trugen und dem Viren spezifische Veränderungen trugen, Übertragung zu den Menschen aktivierend.
„Wir fanden die Sichtbarmachung von mehrfachen Schichten Informationen sehr hilfreich, wenn wir Hypothesen, die erzeugten wir könnten durch statistische Analyse der Veränderungsdaten prüfen wir im Evolutionsbaum organisierten,“ sagt Janies. „Die Ergebnisse halfen uns, zu verstehen, ob Veränderungen, die scheinen, auf bestimmte Hauptrechner oder geographische Regionen sich zu beziehen, zufällig erschienen oder ob sie wahre Anpassungen des Virus waren, da es ausbreitete.“
Grippeviren werden entsprechend einigen Kriterien tarifiert: ob sie von den Tieren oder von den Menschen und von der Aktivität von zwei Schlüsselproteinen kommen, die auf der Oberfläche des Virus, des hemaglutinin (HA) und der Neuraminidase sitzen (NA). HA hilft dem Virus „Steuerknüppel“ zu einer Wirtszelle und infiziert es; NA hilft dem Virus, von der Zelle zu entweichen und zu anderen Zellen und zu Hauptrechnern auszubreiten. In der Vergangenheit nahmen Wissenschaftler an, dass, wenn ein Virusstamm dieses aktivierte Mensch-zu-Mensch-Übertragung auftauchte, es vermutlich Veränderungen in diese zwei Proteine miteinbeziehen würde.
Janies und seine Kollegen fanden keine Genotypen verbunden mit Veränderungen in diesen zwei Oberflächenproteinen, die sich beträchtlich auf irgendein spezifisches Baumuster Hauptrechner bezogen. Sie fanden jedoch eine starke Vereinigung zwischen einem spezifischen Genotypus (Lysine-627 im grundlegenden Protein der Polymerase des Virus) und Säugetier- Hauptrechnern auf dem Gebiet.
„Während dieser Genotypus nicht zu den Säugetieren exklusiv ist, denken wir, dass es wichtig ist, aufzuspüren, wie diese bestimmte Veränderung, weil sie scheint, in den Mäusen so ansteckend und tödlich zu sein,“ sagt Janies ausbreitet.