Forskare här har planlagt ett nytt, växelverkande kartlägga av spridningen av den avian influensaviruset (H5N1) som för den första tiden inkorporerar genetisk, geografisk och evolutions- information, som kan hjälpa att förutsäga var det nästa utbrott av viruset är rimligt att uppstå.
I det processaa testade de också hypoteser om naturen av närmare detalj anstränger av viruset som verkar att vara westward heading och har kapaciteten att smitta människor.
Ett lag av biomedicalexperter, ledde vid Daniel Janies, en assistentprofessor i avdelningen av biomedicalinformatics, använd special programvara för att skapa en evolutions- tree av virus mutationar. De använde KeyholeMarkupSpråk i Google Earth för att projektera treen på jordklotet och valde därefter färgar, och symboler som indikerar olika, varar värd som bär viruset och var de bor. TimeSpan another fungerar i Google Earth som är tillåtet dem för att animera spridningen av viruset över det förgångna årtiondet.
Kartlägga är chock-full av extra information. att Klicka på en specifik virus- underordnad typ frambringar ett popup fönster som avslöjer diagnostiska mutationar som skiljer en anstränger av viruset från another, och alla av data anknytas till MedborgareInstitutet av Hälsas GenBank.
”Ger kartlägga oss ett helt nytt långt av att se viruset i handling och överenskommelse vad den är och inte gör,” något att säga Janies. ”Har Den möjliggjort oss för att jämföra rön om virus i verklig värld mot pre-existerande hypoteser om spridningen av H5N1 som kommer från laboratoriumstudier.”,
Studien visas denna vecka i April utfärdar direktanslutet av Systematisk Biologi.
Den avian influensaviruset kändes igen först i wild vatten- fåglar i Guangdong, Kina i 1996. Det därefter spridning till hönor och människor i Hong Kong efter året. Från 1997 till 2005 dök upp det i flera Asiatiska länder för Southeast, och spridning via multipel varar värd alltigenomcentral och sydliga Kina, Ryssland, Mellanösten och Indien. Hitintills har extra utbrott varit anmält så avlägset västra som Europa och Afrika och som Far East som Japan, Korea och Indonesien.
I att skapa supermapen, utstuderade genetiska data för forskare från 351 isolater av viruset. De intresserades speciellt, i upptäckt, om bestämt, varar värd bar närmare detalj bildar av viruset och som virus bar specifika mutationar möjliggöra överföringen till människor.
”Grundar Vi visualizationen av multipellagrar av information som mycket är hjälpsamma, i utveckling av hypoteser som, vi kunde testa till och med statistisk analys av mutationdatan vi organiserade i den evolutions- treen,” något att säga Janies. ”Hjälpte rönet oss att förstå huruvida mutationar som verkar att vara tillhörande med bestämt varar värd, eller geografiska regioner visades riskerar by, eller huruvida var de riktiga anpassningar av viruset som den som var spridd.”,
Influensavirus klassificeras enligt flera kriterier: huruvida kommer de från djur eller människor och aktiviteten av två nyckel- proteiner som sitter på ytbehandla av viruset, hemaglutininen (HA) och neuraminidasen (NA). HA hjälper viruset ”att klibba” till en vara värdcell och att smitta den; NA hjälper virusflykten från cellen och spridning till andra celler och varar värd. I förflutnan antog forskare att, om en anstränga av viruset dök upp den möjliggjorde människa-till-människan överföring, den skulle gäller antagligen mutationar i dessa två proteiner.
Janies och hans kollegor fann inte några genotypes som var tillhörande med mutationar i dessa två, ytbehandlar proteiner som var markant tillhörande med någon specifik typ av varar värd. De, fann emellertid en stark anslutning mellan en specifik genotype (Lysine-627 i det grundläggande proteinet för polymerasen av viruset), och däggdjurs- varar värd i sätta in.
”Fördriva denna genotype är inte artikel med ensamrätt till däggdjur, oss funderare som det är viktigt att spåra hur denna särskilda mutation fördelar, därför att den verkar att vara så infective och dödlig i möss,” något att säga Janies.