史上最大のアフィメトリクスのGeneChipマイクロアレイ研究

でバージニアバイオインフォマティクス研究所（VBI） バージニア工科大学は 、学術研究の場におけるプラントの実験システムのための過去最大規模のアフィメトリクスGeneChipマイクロアレイの研究を完了したことを発表した。

2600 -チップの実験は、長期的な病害抵抗性のメカニズムに焦点を当てて、紋羽病病原体疫病ソーヤと大豆の感染時に植物と病原体の遺伝子のカウンタープレーを探求。 P.ソーヤは、米国だけで商業農家のための損失で年間$ 100-200百万大豆の作物との結果に重大な損傷を引き起こす。

多くの情報は、プラント内の単一の抵抗性遺伝子の注意深い研究によって得られている。しかし、この"低ぶら下げ果実"のアプローチは、作物の重要な長期的な抵抗につながっていない。単一の遺伝子が改変されている植物は、速やかに病原体の新しい菌株によって克服される。 GeneChipの実験は、定量的または多重遺伝子抵抗と呼ばれる病害抵抗性のより長期的なフォームを理解し、向上を目的としたプロジェクトの一部です。

アダムJerauld、コア研究施設（CLF）にアフィメトリクスのチームリーダーは言った："我々の施設が正常に半年の期間内にこの2600 -チップ実験のデータ生成の段階を完了することができた。これが原因で研究者と私達の配列処理機能をスケールアップするために我々のチームの能力の間に非常に効果的なコラボレーションが可能であった。我々はまた、アフィメトリクスから一流の技術サポートを受けた。"

クライヴエバンズ、VBIでCLF Managerは、コメント："研究で使用したアフィメトリクスのGeneChip ®マイクロアレイは、38,000大豆の遺伝子と15の800 P.sojae遺伝子に対するプローブを構成する。我々はこのプロジェクトの規模に対応するために私たちのアフィメトリクス処理4倍の生産性を増加させた。"

"VBIは、世界クラスの工場で働く科学者や生物医科学と国立カスタマーアレイのセンターです。それが非営利の施設で過去最大アフィメトリクス農業マイクロアレイ実験を実施する理想的な場所である、"フレドリックポロック、Affymetrix社の戦略ビジネスのディレクター言った。 "我々は、大豆のゲノム配列のコンテンツを開発するための大豆の研究コミュニティと協力。アフィメトリクスは、現在、搭載されたGeneChip ®コンソーシアムのプログラムの一環として、17の配列を生成し、我々は、作物の収量と私たちが食べる食品の栄養価を改善するために設計された、さらにプロジェクトの主要な農業の研究者と作業に興奮しています。"

アフィメトリクスマイクロアレイ実験には二つのアプローチ、転写プロファイリングおよび量的形質遺伝子座（QTL）のマッピングを組み合わせたもの。これらのアプローチは、多くの遺伝子の相互作用を含む複雑な生物学的プロセスを解剖に適しています。この研究から得られた情報は、マメ科植物は、病原体のさまざまなから保護する方法を理解する上で貴重になり、どのように多くのホストはoomyceteの病原体から保護されることがあります。プロジェクトチームリーダーとVBI教授ブレットタイラーは言った："大規模なデータが今手にCLFから設定すると、プロジェクトのデータ分析フェーズが開始され、18ヶ月かかると予想される。"

VBIのCLFは、様々な高スループット技術やその他の最先端の技術に関連したサービスを提供する、マルチユーザーのリソースです。 CLFは、現在、DNAシークエンシング、ジェノタイピング、遺伝子発現解析、およびプロテオミクスのための分析プラットフォームを提供しています。

プロジェクトは、全米科学財団の植物ゲノムの研究プログラムからの協力協定DBI - 0211863によってサポートされています。プロジェクトはSaghai Maroof（作物と土壌環境科学科、バージニア工科大学）、伊那Hoeschele（VBI）、アンDorrance（オハイオ州立大学）とスティーブセントマーティン（オハイオ州立大学）を含む学際的なコラボレーションです。

バージニア工科大学バージニアバイオインフォマティクス研究所（VBI）は、植物、人間と他の動物における宿主 - 病原体 - 環境の相互作用の"疾病の三角形を"理解を中心とした研究のプラットフォームを提供しています。情報技術と生物学を組み合わせた学際的なアプローチに成功したチャネリングの技術革新によって、VBIの研究者は生物医学、環境と植物科学における今日の主要な課題のいくつかに取り組んでいる。

http://www.vt.eduとhttp://www.affymetrix.com