Nye beregningsorientert metoden bruker biologiske nettverk for å bedre identifisere sammenhenger mellom molekyler

Forskere ved Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital (Canada), European Molecular Biology Laboratory (Tyskland), og Massachusetts Institute of Technology (USA) har skapt en ny computational metode som kalles NetworKIN.

Denne metoden bruker biologiske nettverk for å bedre identifisere sammenhenger mellom molekyler. I en cover historie omtalt i 29 juni 2007-utgaven av tidsskriftet Cell, forskerne rapporten innsikt i reguleringen av protein nettverk som til slutt vil bidra til å målrette sykdom hos mennesker.

"Tusenvis av proteiner kan endres (via fosforylering), men til nå har det ikke vært mulig å vite hvilke protein har gjort endringen," sier Dr. Tony Pawson, fremstående etterforsker ved Lunenfeld.

Proteiner er funksjonelle agenter som utfører prosesser i en celle. Men de sjelden opptrer alene. Istedenfor de oppnå deres virkninger som en del av store nettverk. Hvordan proteiner samhandler i disse nettverkene ofte avhenger fosforylering, tillegg av fosfat til bestemte områder på et protein. Kinaser er proteiner som bringer om fosforylering av andre proteiner og på denne måten regulere cellulære prosesser.

"Ved å få et nettverk-wide view, flere avvikende gener kinase-kontrollerte prosesser er lettere målrettet," sier Dr. Rune Linding, postdoktor, Samuel Lunenfeld Research Institute. "I fremtiden vil behandling av komplekse menneskelige sykdommer kan behandles ved å målrette flere gener." Komplekse sykdommer som kreft ofte inneholder feil i flere prosesser styres av kinaser.

"Det fungerer litt som å få en anbefaling fra Amazon," sier Dr. Peer Bork, gruppeleder ved EMBL. "Det faktum at visse bøker har blitt kjøpt av de samme kundene forteller deg at de har noe til felles. På samme måte biologiske nettverk fortelle oss om felles funksjoner mellom ulike proteiner. Disse hjelper oss å forutsi hvilke kinaser er sannsynlig å handle på dem. "

http://www.mshri.on.ca