Gevouwen en niet meer gebruikte eiwitten worden geëlimineerd door een mobiele shredder genaamd het proteasoom.
De cel labels de eiwitten het wil te beschikken met ubiquitine (Ub) om de ongewenste afbraak van eiwitten nog steeds nodig te vermijden. Storingen in het ubiquitine-proteasoom-systeem kan fataal zijn voor het organisme. Met name kanker en immunologische aandoeningen, maar ook ontwikkelingsstoornissen gebreken zijn het gevolg. De kennis over de ubiquitinatie reactie evenals het effect van ubiquitinatie op diverse cellulaire functies heeft al geleid tot de ontwikkeling van veelbelovende medicijnen zoals bortezomib en Herceptin. Het moleculaire mechanisme van Ub conjugatie en de biologische betekenis is ontdekt door Avram Hershko, Aaron Ciechanover en Irwin Rose die al de edele prijs voor hun werk toegekend in 2004. In het huidige nummer van Molecular Cell prof. Ivan Dikic en zijn team van het Instituut voor Biochemie II aan de Universiteit van Frankfurt nu beschrijven een roman Ub conjugatie reactie die een meer efficiënte manipulatie van de belangrijkste eiwitten zou kunnen stellen bij de behandeling van kanker en andere ziekten . "Onze huidige visie op eiwit ubiquitinatie zoals het is gevonden in de schoolboeken moet worden herzien", verklaart prof. M'ller-Esterl, directeur van het instituut van de biochemie en de vice-president van de Johann-Wolfgang Goethe-universiteit.
"Vrijwel elk proces binnen een eukaryote cel is direct of indirect gecontroleerd door ubiquitine", zegt Dikic. Dit geldt ook voor fundamentele cellulaire programma's zoals afbraak van eiwitten, DNA-replicatie, signaaltransductie of eiwit mensenhandel. Tot nu toe werd aangenomen dat de samenwerking van de drie enzymen die nodig is om vast Ub aan een ander eiwit: E1, E2 en E3. E1 activeert Ub en transporteert deze naar E2, die op zijn beurt samenwerkt met een zogenaamde Ub ligase (E3), die paren Ub aan een specifiek doelwit eiwit. Echter, Dikic en collega's ontdekten dat bepaalde eiwitten kan onafhankelijk van de E3 ligasen die een beroering onder deskundigen veroorzaakt worden geübiquitineerde.