Huippuluokan bioinformatiikan ohjelmistoja

Suurten yritysten, kuten Human Genome Project on tuottanut suuria määriä tietoja.

Saada tolkkua kaiken, voimakas on matemaattisia ja tilastollisia algoritmeja kehittämisen tuloksena monitieteinen kenttä nimeltä bioinformatiikka. "By luotaa genomin tietoja in silico työkaluja, biologit voi päätellä toiminnot tiettyjä geenejä, arvioi evoluution sukulaisuuden lajien välillä, ja tunnistamaan DNA variantteja, jotka ovat ennustaneet tauti. Tämä Arvokasta tietoa sekä täydentää ja ajaa perinteisempien laboratoriotesteihin perustuva kokeellisten tutkimusten. Tässä kuussa julkaisemaa Cold Spring Harbor pöytäkirjat korostaa kaksi artikkelia, joissa käsitellään periaatteita ja sovelluksia huippuluokan Bioinformatiikkaohjelmistojen ohjelmia, molemmat ovat vapaasti saatavilla verkossa ( www.cshprotocols.org ).

Ensimmäinen vapaasti saatavilla artiklan ( http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.top17 ) annetaan ohjeita miten käyttää BLAST (Basic Local Tasaus Search Tool) ohjelma. BLAST on työkalu, jota yleisimmin käytetään etsiä suuria tietokantoja DNA ja proteiinisekvenssien kanssa yhtäläisyyksiä. Artiklassa, tarkoitettu käyttäjän opas BLAST sisältää yleiskatsauksen sen algoritmisen perusteella sekä kuvauksia eri BLAST-ohjelmat ja niiden asianmukaiset hakemukset. Se on hyödyllistä monenlaisia ​​biologit pyrkivät paremmin ymmärtämään ja soveltamaan BLAST järjestelmiinsä.

Toinen vapaasti käytettävissä artikkelissa kuvataan laskennallisia putki, joka on optimoitu tunnistamaan DNA variantteja kutsutaan SNP (single-nukleotidin polymorfia) järjestyksessä tietoja maissi. Sekvenssit, generoidaan huipputeknologian 454 Life Sciences, ovat linjassa ja ankkuroitu maissi genomin käyttäen BLAST ja cross_match (toinen laskennallinen työkalu). Sitten kolmasosa ohjelma nimeltä PolyBayes käytetään etsiä SNP on linjassa sekvenssejä. Artikkelissa kuvataan tämä SNP-löytö putki on saatavilla http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.prot4786 .

http://www.cshl.org