De ponta software programas de bioinformática

Empresas de grande escala como o Projeto Genoma Humano têm produzido grandes quantidades de dados.

Fazer sentido de tudo, poderosos algoritmos matemáticos e estatísticos foram desenvolvidos, resultando no campo interdisciplinar chamado bioinformática. "Ao investigar dados da seqüência do genoma com as ferramentas silico, biólogos podem inferir as funções de genes específicos, avaliar o parentesco evolutivo entre as espécies, e identificar as variantes de DNA que são preditivos de doença. Esta informação valiosa pode complementam e conduzir o mais tradicional de laboratório baseado em estudos experimentais. liberação deste mês de Cold Spring Harbor Protocolos destaca dois artigos que discutem os princípios e aplicações de ponta bioinformática software programas, ambos estão disponíveis gratuitamente on-line ( www.cshprotocols.org ).

O primeiro artigo livremente disponível ( http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.top17 ) fornece orientação sobre como usar o BLAST (Ferramenta de Busca de Alinhamento Básico Local) do programa. BLAST é a ferramenta que é mais comumente usado para procurar grandes bancos de dados de DNA e proteínas seqüências com similaridades. O artigo, pretende ser um guia do usuário para BLAST, inclui uma visão geral de sua base algorítmica, bem como descrições de programas BLAST e suas diversas aplicações apropriadas. Será útil para uma ampla gama de biólogos que procuram entender melhor e aplicar BLAST em seus sistemas.

O segundo artigo disponível gratuitamente descreve um pipeline computacional que foi otimizado para identificar variantes de DNA chamados SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) em dados de seqüência a partir do milho. As seqüências, geradas com tecnologia de ponta da 454 Life Sciences, estão alinhados e ancorados no genoma do milho utilizando BLAST e cross_match (outra ferramenta computacional). Então, um terceiro programa chamado PolyBayes é usado para procurar SNPs em seqüências alinhadas. O artigo descrevendo este pipeline SNP-descoberta está disponível em http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.prot4786 .

http://www.cshl.org