In einem Papier berichten erschienener Onlinedieser monat in der Zapfen Natur-Chemischen Biologie, Forscher, dass sie eine Methode entwickelt haben, die Funktion von einigen der Hunderte von den Tausenden Proteinen zu bestimmen, für die Aminosäurereihenfolgendaten erhältlich sind, aber die Zelle und Funktion unbekannt bleiben.
Das Forschungsteam, geführt durch Universität von Illinois-Biochemieprofessor John A. Gerlt, ist das erste, zum eines Computeranfluges zu verwenden, um eine Proteinfunktion von seiner Aminosäurereihenfolge genau vorauszusagen. Ihr in silico (computergestützte) Vorhersagen wurden im Labor mittels der Enzymproben und der Röntgenstrahlkristallographie validiert.
Das neue Konzept bezog mit ein, Datenbanken von bekannten Proteinen nach denen zu suchen in Aminosäurereihenfolgen, die die größte Homologie zu den unbekannten Proteinen hatten. Die Forscher verwendeten dann die dreidimensionalen Zellen der am nähsten übereingestimmten bekannten Proteine in ihren Analysen der Proteinfunktion.
Unter Verwendung der Strukturdaten, die von dieser Homologie formt erhalten wurden, führte das Team computerisiert durch, Experimente, um schnell auszuwerten, ob die unbekannten Proteine wahrscheinlich, waren an irgendwelche einer beträchtlichen Bibliothek der Moleküle des potenziellen Ziels zu binden, oder Substratflächen ankoppelnd. Zu Bestimmen, welche Substratfläche an ein gegebenes Protein bindet, ist zum Verständnis der Proteinfunktion wesentlich.
„Diese Studie beschreibt einen integrierten Anflug unter Verwendung der experimentellen Techniken, Computertechniken und Röntgenstrahlkristallographie für die Vorhersage der Funktion eines Proteins der vorher unbekannten Funktion,“ sagte Gerlt.
Diese Methoden beschleunigen die Aufgabe des Kennzeichnens der biologischen Rollen von einigen der Hunderte von den Tausenden Proteinen, deren Funktionen nicht noch entdeckt worden sind.
„Eher als versuchend experimentiert zu tun (Labor) an 30.000 Mitteln, um, wenn sie Substratflächen, sind mit diesem Anflug zu bestimmen, den Sie möglicherweise Experimente auf 10 taeten,“ sagte Gerlt.