蛋白質機能を予測する新しいアプローチ

ペーパーではそれらがアミノ酸シーケンスデータが使用できるが、のために構造および機能が未知に残る数十万の蛋白質の一部の機能を定める方法を開発したことをジャーナル性質の化学生物学の出版されたオンライン今月、研究者は報告します。

生物化学教授ジョン A. Gerlt イリノイ大学によって導かれる調査チームは正確にアミノ酸シーケンスからの蛋白質の機能を予測するのに計算のアプローチを使用する第 1 です。 、 silico で彼等の、 (コンピュータ利用) 予言は酵素試金および X 線の結晶学によって実験室で認可されました。

新しいアプローチは未知の蛋白質に最も大きい相同があったアミノ酸シーケンスとそれらを知られていた蛋白質のデータベースを捜すことを含みました。 研究者は蛋白質機能の分析でそれから最も密接に一致させた知られていた蛋白質の三次元構造を使用しました。

模倣するこの相同から得られた構造データを使用してチームはコンピュータ化されてすぐに未知の蛋白質が潜在的なターゲットの分子の広大なライブラリの何れかに結合するためにが本当らしかったまたは基板を行いまかどうか評価するために実験つなぎます。 どの基板がある特定の蛋白質に結合するか定めることは蛋白質の機能の理解に重要です。

「この調査実験技術を使用して統合されたアプローチを記述します、前に未知関数の蛋白質の機能を予測するための計算の技術そして X 線の結晶学」はと Gerlt は言いました。

これらの方法は機能がまだ検出されていない数十万の蛋白質の一部の生物的役割の識別のタスクを促進します。

「、それらが基板であるあなたが 10 の実験をするかもしれないこのアプローチとかどうか定めるためにすることを試みてよりもむしろ 30,000 の混合物で (実験室) 実験します」と Gerlt は言いました。

調査は大きく、多様な enolase の superfamily 内の蛋白質の系列を含みました。 Enolases は新陳代謝のために必要とされるに応じて他の分子へのブドウ糖および関連混合物の故障に触媒作用を及ぼす酵素です。

enolase の superfamily 内の酵素は互いに同じような反作用のメカニズムを利用しますが、機能の検出のタスクを複雑にする異なった反作用に触媒作用を及ぼします。 enolase の superfamily に 3,000 以上の蛋白質があり、それらの大半は、特徴付けられて十分に、または正確にまだありませんでした。 (新しい調査はまた enolase 蛋白質の 1 つの系列が誤って分類されたことを明らかにしました。)

開拓した計算のアプローチが科学者未知の蛋白質これらを、および他人が理解する問題に取り組むのをのより効率的に助けると Gerlt および彼の同僚は期待します。

「シーケンスデータバンクに 4 つ1/2 ,000,000 の蛋白質シーケンスがあり、多分機能はのために、に割り当てることができます知られています信頼性とのそれらの半分」と Gerlt は言いました。 「検出されるべき多くの生物学が」。あることを告げる

http://www.uiuc.edu