预测蛋白质功能的新的途径

在文件在日记帐本质化工生物的发布在线本月，研究员报道他们开发了方式确定的某些的功能氨基酸顺序数据是可用的，但是结构和功能依然是未知数十万蛋白质为。

研究小组，导致由伊利诺伊大学生化约翰 A. Gerlt 教授，是使用一个计算途径的第一个准确地预测从其氨基酸顺序的蛋白质的功能。 他们，在 silico， (计算机辅助) 预测在实验室里被验证了通过酶活性测定和 X-射线结晶学。

新的途径介入搜索已知的蛋白质数据库那些与有最极大的同源对未知的蛋白质的氨基酸顺序。 研究员在对蛋白质功能的他们的分析然后使用了严密地被符合的已知的蛋白质的三维结构。

使用从此同源得到的结构上的数据塑造，这个小组执行计算机化靠码头实验迅速评估未知的蛋白质是否可能束缚到任何潜在目标分子一个浩大的图书馆，或者基体。 确定哪个基体束缚对特定蛋白质对了解蛋白质的功能是重要的。

使用实验技术， “此研究描述一个集成途径，计算技术和 X-射线结晶学预测的以前未知函数蛋白质的功能”， Gerlt 说。

这些方法将加速识别的某些的生物角色任务未发现功能数十万蛋白质。

“而不是设法执行 (实验室) 在 30,000 种化合物试验确定他们是否是基体，与您也许执行在 10 的实验的此途径”， Gerlt 说。

这个研究介入蛋白质系列在大和不同的 enolase 总科内的。 Enolases 是摧化葡萄糖和涉及的化合物细分到其他分子里如需要为新陈代谢的酵素。

在 enolase 总科内的酵素使用相似的回应结构给互相，但是摧化不同的回应，复杂化发现他们的功能任务。 有超过在 enolase 总科的 3,000 蛋白质，并且多数的他们不充分地或者准确地是，分析。 (新的研究也表示 enolase 蛋白质一个系列被错误了分类。)

Gerlt 和他们作早期工作在的他的同事预计这个计算途径更加高效地将帮助科学家解决了解这些的问题和其他，未知的蛋白质。

“有 4 1/2 在顺序数据库的百万个蛋白质顺序，并且功能可能知道为，可以被分配对，那些的一半与若干可靠性”， Gerlt 说。 “告诉您有将被发现的很多生物”。

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