I ett pappers- som direktanslutet publiceras denna månad i den Kemiska Biologin för föra journal överNaturen, anmäler forskare att de har framkallat a långt för att bestämma fungera av några av de hundratusentals proteinerna som amino syra ordnar för data är tillgänglig, men vars strukturerar och fungerar, återstå okänd.
Forskninglaget, ledde vid Universitetar av den Illinois biochemistryprofessorn John A. Gerlt, är första som använder ett computational, att närma sig exakt för att förutsäga att ett protein fungerar från dess amino syra ordnar. Deras i silico, (validerades Röntgar datastödda) förutsägelsear i laboratoriumet med hjälp av enzymanalyser och crystallography.
De nya att närma sig involverade sökande databaser av bekant proteiner för de med amino syra ordnar, att ht den mest stora homologyen till de okända proteinerna. Forskarna använde därefter det tredimensionellt strukturerar av de nära matchade bekant proteinerna i deras analyser av protein fungerar.
Genom Att Använda de strukturella datan erhållande från denna homology som modellerar, utförde laget, datoriserat ansluta experiment snabbt för att utvärdera huruvida de okända proteinerna var rimligt till röran till några av ett vast arkiv av potentiellt uppsätta som mål molekylar eller substrates. Bestämma vilka substrateröror till ett givet protein är livsviktiga till överenskommelse proteinet, fungera.
”Beskriver Denna studie ett inbyggt att närma sig genom att använda experimentella tekniker, Röntgar computational tekniker och crystallography för förutsägelse som fungera av ett protein av föregående okänt fungerar,”, sade Gerlt.
Dessa ska metoder rusar uppgiften av att identifiera de biologiska rollerna av några av de hundratusentals proteinerna vars fungerar inte har ännu upptäckts.
”Ganska än pröva att göra (laboratoriumet) experimenterar på 30.000 sammansättningar för att bestämma, om de är substrates, med detta att närma sig som dig, gör styrkan experiment på 10,”, sade Gerlt.