預測蛋白質功能的新的途徑

在文件在日記帳本質化工生物的發布在線本月，研究員報道他們開發了方式確定的某些的功能氨基酸順序數據是可用的，但是結構和功能依然是未知數十萬蛋白質為。

研究小組，導致由伊利諾伊大學生化約翰 A. Gerlt 教授，是使用一個計算途徑的第一个準確地預測從其氨基酸順序的蛋白質的功能。 他們，在 silico， (計算機輔助) 預測在實驗室裡被驗證了通過酶活性測定和 X-射線結晶學。

新的途徑介入搜索已知的蛋白質數據庫那些與有最極大的同源對未知的蛋白質的氨基酸順序。 研究員在對蛋白質功能的他們的分析然後使用了嚴密地被符合的已知的蛋白質的三維結構。

使用從此同源得到的結構上的數據塑造，這個小組執行計算機化靠碼頭實驗迅速評估未知的蛋白質是否可能束縛到任何潛在目標分子一個浩大的圖書館，或者基體。 確定哪個基體束縛對特定蛋白質對瞭解蛋白質的功能是重要的。

使用實驗技術， 「此研究描述一個集成途徑，計算技術和 X-射線結晶學預測的以前未知函數蛋白質的功能」， Gerlt 說。

這些方法將加速識別的某些的生物角色任務未發現功能數十萬蛋白質。

「而不是設法執行 (實驗室) 在 30,000 種化合物試驗確定他們是否是基體，與您也許執行在 10 的實驗的此途徑」， Gerlt 說。

這個研究介入蛋白質系列在大和不同的 enolase 總科內的。 Enolases 是摧化葡萄糖和涉及的化合物細分到其他分子裡如需要為新陳代謝的酵素。

在 enolase 總科內的酵素使用相似的回應結構给互相，但是摧化不同的回應，複雜化發現他們的功能任務。 有超過在 enolase 總科的 3,000 蛋白質，并且多數的他們不充分地或者準確地是，分析。 (新的研究也表示 enolase 蛋白質一個系列被錯誤了分類。)

Gerlt 和他們作早期工作在的他的同事預計這個計算途徑更加高效地將幫助科學家解決瞭解這些的問題和其他，未知的蛋白質。

「有 4 1/2 在順序數據庫的百萬個蛋白質順序，并且功能可能知道為，可以被分配對，那些的一半與若乾可靠性」， Gerlt 說。 「告訴您有將被發現的很多生物」。

http://www.uiuc.edu