Ny metode for sekvensering begge kromosomene til en organisme

University of Southern California biologer har utviklet en metode for sekvensering begge kromosomene i en organisme.

Deres studie vises i en fersk utgave av Genome Research.

Den statistiske metoden er viktig fordi når forskere kunngjøre at de har sekvensert en organismes genom, de virkelig mener at de har skapt en mosaikk av to kromosomer, sa USC beregningsorientert biolog Lei Li.

"En mosaikk betyr at det er ikke ekte," Li sa.

Hovedforfatter og tidligere graduate student Jong Hyun Kim, anbefalt av Li og USC University Professor Michael Waterman, var i stand til å utlede en fullstendig sekvens av kromosomene i Ciona intestinalis, en marine virvelløse, fra eksisterende sekvensering data.

Kim metode utnyttet den høye frekvensen av genetiske mutasjoner i organismen. Andre organismer med høy genetisk variasjon, for eksempel visse fisk, også kan være egnet.

Fordi det menneskelige genom har en relativt lav mutasjonsraten, kan metoden ikke brukes på mennesker.

Men Kim sa at metoden kan være nyttig i sekvensering deler av det menneskelige genom som viser stor variasjon.

Som et biprodukt av sin analyse, lagt forskerne til økende bevis for at såkalt junk DNA kan ha en funksjon likevel.

Nyere studier har vist at junk DNA uttrykker proteiner som kan regulere gen-funksjon, og at deler av junk DNA har vært svært konservert i evolusjonen, noe som tilsier at de spiller en viktig rolle.

The Genome Forskning Undersøkelsen bekrefter at mange korte deler av junk DNA er svært bevart, sa Li og Kim.

http://www.usc.edu