Gene nätverk är några av de mest grundläggande funktionerna i en levande organism. En extern eller intern stimulans aktiverar vissa gener, vilket i sin tur styr andra gener vars aktivitet slås på eller av olika biologiska processer (såsom cellcykeln, energiproduktion, DNA-reparation, cellulära självmord etc).
Många av de reglerande funktioner styrs av utmätning av speciella proteiner (transkriptionsfaktorer) till 6 till 10 nukleotid långa bindande sekvenser finns på DNA, aktivera eller undertrycka uttryck av den reglerade genen. Vår förmåga att identifiera dessa bindningar är viktigt att förstå hur biologiska nätverk fungerar.
Som kartläggningen av olika organismer blev känd visade det sig att komplexa och enkla organismer skiljer mindre än väntat i storlekarna och makeup av deras arvsmassa, komplexiteten i en organism är nu tros vara återspeglas främst i det sätt på vilket uttryck regleras. Enligt konsensus, är transkription av mänskliga gener regleras främst av faktorer som binder till webbplatser vars avstånd från transkriptionen början webbplatsen kan variera kraftigt och når tiotusentals baspar.