Pazar - virtuelle basar af genregulering data

Et internationalt team har åbnet en virtuel basar, kaldet Pazar, der gør det muligt biologer at dele oplysninger om genregulering gennem forvaltes individuelt 'butikker' (datasamlinger).

Ifølge forskning offentliggjort i online-open access tidsskrift, Genome Biology, kan kunderne få adgang til data uden beregning fra enhver butik eller udtrække information fra 'mobiltelefoner', der samlede data for tilsvarende typer.

På at læse det menneskelige genom sekvens, håber forskerne at forstå, hvor og hvornår af genekspression, fordi dette kunne fremskynde udviklingen af ​​nye behandlinger mod kræft eller stamceller behandlinger for degenerative sygdomme, og forklare komplekse sygdomme som diabetes.

En stor del af de indsamlede oplysninger i dyre studier af genregulering er dårligt tilgængelige hvis de er tilgængelige på alle. Individuelle forskerhold genererer ofte databaser eller sende filer på internettet, men disse oplysninger er opsplittede og kan gå tabt over tid. Forskerholdet, der ledes af Wyeth Wasserman ved University of British Columbia og Barn & Family Research Institute, Vancouver, Canada, og kolleger fra Bulgarien, Canada, Frankrig og USA, beskriver en ny metode til at styre denne information ved at bringe det sammen for første gang, du bruger Pazar.

Pazar er, forklarer forskerne, "en open-access og open source-database med transskription faktor og regulerende sekvens påskrift". Som sådan opfylder den en lang behov for en stor indsamling af data af regulerende sekvenser ubegrænset af kommercielle hensyn. Dens roman shopping-mall-lignende struktur (Pazar er bulgarsk for shopping mall) vil give forskere til at dele data samlinger og beregningsmæssige forudsigelser på en organiseret og tilgængelig måde.

For at demonstrere fordele og funktioner i Pazar og dets dybde annotation, forskerne brugte Plejaderne arrangøren Projekt samling af hjerne-linked regulerende sekvenser til fremvisning. De har arbejdet internationalt med boutique operatører og er i øjeblikket at udvide data repræsenteret, og at forbedre datasikring værktøjer. Ved at bringe små dataindsamlinger sammen Wasserman og kolleger sigter mod at bringe data til internationale videnskabelige kunder og er opmuntrende andre forskere til at åbne nye butikker i denne genomisk indkøbscenter.

http://www.biomedcentral.com/