Pazar - virtuella basar av genreglering uppgifter

Ett internationellt team har öppnat en virtuell basar, kallad Pazar, som gör att biologer att dela information om genreglering genom förvaltas individuellt "butiker" (datainsamlingar).

Enligt forskning publiceras i online Open Access-tidskrift, Genome Biology, kan kunder komma åt data utan kostnad från någon butik eller hämta information från "varuhus" som samlade data för liknande typer.

I dechiffrera det mänskliga genomet sekvens, hoppas forskarna att förstå när och var av genuttryck, eftersom detta kan påskynda utveckling av nya cancerbehandlingar eller stamceller behandlingar för degenerativa sjukdomar, och förklara komplexa sjukdomar som diabetes.

Mycket av den information som samlats i kostsamma studier av genreglering är dåligt tillgänglig om tillgängliga alls. Enskilda forskarlag ger ofta databaser eller filer inlägg på internet, men dessa uppgifter är fragmenterade och kan försvinna med tiden. Forskargruppen, som leds av Wyeth Wasserman vid University of British Columbia och Child & Family Research Institute, Vancouver, Kanada, och kollegor från Bulgarien, Kanada, Frankrike och USA, beskriva en ny metod för att hantera denna information genom att föra ihop för första gången med hjälp av Pazar.

Pazar är, förklarar forskarna, "en öppen tillgång till och öppen källkod databas av transkriptionsfaktor och reglerande sekvens anteckning". Som sådant uppfyller den ett långvarigt behov av en stor insamling av reglerande sekvenser obegränsad av kommersiella intressen. Dess nya shopping-galleria-liknande struktur (Pazar är bulgariska för köpcentrum) kommer att tillåta forskare att dela data samlingar och beräkningsmetoder förutsägelser på ett organiserat och lättillgängligt sätt.

För att visa de fördelar och funktioner i Pazar och dess djup anteckning, använde forskarna Plejaderna samlingen Arrangören Projekt av hjärnan kopplade reglerande sekvenser som utgör en monter. De har arbetat internationellt med boutique operatörer och är för närvarande expanderar uppgifterna representerade, och förbättra datasäkring verktyg. Genom att små datainsamlingar tillsammans Wasserman och kollegor siktar på att föra uppgifter till internationella vetenskapliga kunder och uppmuntra andra forskare att öppna nya butiker i denna genomiska gallerian.

http://www.biomedcentral.com/