Kuten ristisanatehtävä-puzzle ratkaisija, joka käyttää kirjaimet vastauksia selvittää toiset tutkijat Dana-Farber Cancer Institute ja kansainvälisen ryhmän yhteistyökumppanit ovat käyttäneet tietoja geenien periytyvät muodot rintasyövän tunnistaa geeni liittyy muita -perinnöllinen tartuntatapauksia.
Niiden lähestymistapaa, kuvattu tutkimuksessa Lähetetty verkossa Nature Genetics-lehdessä, ei vaadi uusia kokeita tai lab menettelyjä, mutta käytetty standardi analyyttisiä menetelmiä ja "data mining" tekniikoita löytää uusia syöpään liittyvien geenien keräämiä tietoja aikaisemmista opinnoista . Tekniikka voi auttaa tutkijoita löytämään geenejä liittyy muiden syöpien samoin, plus ei-syöpä ehtoja, jotka ovat geneettinen perusta, kirjoittajat totesi.
"Yli 85 prosenttia rintasyövistä ei ole perinnöllinen linkki. Eli ne syntyvät naisilla, jotka eivät ole perineet poikkeava geeni, joka lisää niiden riski taudin", sanoo tutkimuksen toinen kirjoittaja David E. Hill , PhD, Dana-Farber Center for Cancer systeemibiologia, jossa tutkimus perustui. "Tiede tietää hyvin vähän siitä, mitkä geenit ovat mukana tällaisessa syöpiä. Niidenkin 15 prosenttia rintasyövistä, joilla on perinnöllinen komponentti, vastaavat geenit tunnetaan vain noin kolme neljäsosaa tapauksista."
Tässä tutkimuksessa, Hill sanoi, että tutkijat ihmettelivät, jos he voisivat käyttää kehittämällä työkaluja verkon mallinnus (joka mittapäät yhteyksiä geenien ja proteiinien välille) ja ilmentymisen (joka keskittyy malleja geenien toiminta) ohjata heitä löytämään ehdokas rintojen syöpä geenejä.
Alkaa listan neljästä geenien tiedetään aiheuttavan rintasyöpää kun periytyy epänormaali muoto == BRCA1, BRCA2, ATM, ja CHEK2 == tutkijat keräsi tietoja olemassa tutkimuksia yhteyksien välillä "hub" geenejä ja niiden geenien kanssa. Ne tutkimukset olivat viisi erilaista: ilmaus profiilit geenejä, joiden toiminta peilejä että neljästä solmukohdat tutkimuksia geenien toiminta kun BRCA1 suljetaan; julkaistut tutkimukset biokemiallisten keskuudessa proteiineja määrittämän navan geenit; ilme profiileja käytetään hiivaa ja madon versiot keskittimen geenien ja Dana-Farber tiimin oman työn kartoituksessa proteiini-proteiini vuorovaikutusten.
"Vaikka perinnöllinen ja ei-perinnöllinen (tai" somaattiset) rintasyövistä kehittyä selvästi eri mekanismeja, on todennäköistä, että joitakin samoja geenejä mukana ", sanoo tutkimuksen toinen kirjoittaja Michael Cusick, PhD, Dana-Farber. "Toivomme, että alussa on geenien tiedetään aiheuttavan perinnöllisen tapauksissa voimme saada vihjeitä geenit liittyvät perinnöllinen sairaus sekä ei-perinnöllinen."
Näyttöä tutkijat kerättiin, sillä edellytyksellä "globaalista näkökulmasta" ja toiminnot rintasyöpägeeneihin. "Tämä tekniikka pystyimme integroimaan olemassa olevia tietoja ja löytää yhteyksiä tai kuvioita, jotka toiset saattavat olla menetetty", lisäsi Cusick.
Tällä menetelmällä tutkijat kaventui listan ehdokas rintasyöpä-altistavia geenejä muutamasta tuhannesta noin 150. Sisällä että pienempi ryhmä, he sijoittui geenien mukaan, miten tiiviisti toimintansa muistutti, että neljästä navat, ja siksi kuinka todennäköisesti he osallistua tauti. Parhaan sijoituksen geeni, joka ei ollut aikaisemmin tutkittu oli yksi nimeltään HMMR.
Vahvistus voimassaolon luettelo tuli serendipitously, kun tutkijat lab Dana-Farber n David Livingston, MD, tunnisti kaksi geeniä mahdollisesti liittyvät rintasyöpä. Molemmat olivat korkealla joukkueen lista.
Yllättäen yksi näistä geeneistä osoittautui sammakko versio HMMR. Biokemialliset tutkimukset sekä ihmisen ja sammakon proteiineja, suorittaa Livingston Lab vahvisti yhdistyksen BRCA1 ja HMMR.