Come un cruciverba risolutore che usa le lettere in alcune risposte per capire gli altri, i ricercatori del Dana-Farber Cancer Institute e un gruppo internazionale di collaboratori hanno usato i dati sui geni coinvolti nelle forme ereditarie di cancro al seno per identificare un gene legato alla non ereditarie casi della malattia.
Il loro approccio, descritto in uno studio pubblicato online dalla rivista Nature Genetics, senza la necessità di nuovi esperimenti o procedure di laboratorio, ma utilizzati metodi standard di analisi e di "data mining" tecniche per scoprire nuovi geni legati al cancro a informazioni raccolte da studi precedenti . La tecnica potrebbe aiutare i ricercatori a trovare i geni associati con altre forme di cancro e, oltre a condizioni non cancerose che hanno una base genetica, gli autori hanno affermato.
"Più del 85 per cento dei casi di cancro al seno non hanno un legame ereditario. Cioè, che si presentano nelle donne che non hanno ereditato un gene anomalo che aumenta il rischio per la malattia", ha detto il coautore dello studio David E. Hill , PhD, del Centro di Dana-Farber Cancer di Systems Biology, dove si è basata la ricerca. "La scienza sa molto poco su quali geni sono coinvolti nei tumori del genere. Anche tra il 15 per cento dei tumori al seno che hanno una componente ereditaria, i geni responsabili sono noti solo in circa tre quarti dei casi."
In questo studio, Hill ha detto che i ricercatori hanno chiesto se potevano usare gli strumenti di sviluppo di modellazione di reti (che sonda le connessioni tra geni e tra le proteine) e profilo di espressione (che si concentra sui modelli di attività dei geni) per guidarli nella ricerca del seno candidato i geni del cancro.
Cominciando con una lista di quattro geni noti per causare il cancro al seno quando ereditato in una forma anomala == BRCA1, BRCA2, ATM e CHEK2 == gli investigatori hanno raccolto informazioni dagli studi esistenti sulle connessioni tra questi "hub" geni ei loro partner del gene. Questi studi sono stati di cinque tipi: profili di espressione dei geni la cui attività rispecchia quella dei quattro hub, sondaggi di attività del gene BRCA1, quando è spento; studi pubblicati di interazioni biochimiche tra proteine specificate dai geni hub; profili di espressione con le versioni di lievito e vite senza fine dei geni mozzo, e proprio lavoro del Dana-Farber squadra nella mappatura interazioni proteina-proteina.
"Anche se ha ereditato e non ereditaria (o 'somatica') di sviluppare tumori al seno da meccanismi notevolmente diversi, è probabile che alcuni degli stessi geni sono coinvolti", ha detto il co-autore Michael Cusick, PhD, del Dana-Farber. "Speriamo che cominciando con geni noti per causare casi ereditari, possiamo ricavare indizi di geni associati con la malattia ereditaria e non ereditarie."
L'evidenza i ricercatori hanno raccolto fornito una "prospettiva globale" sulle funzioni dei geni del cancro al seno. "Questa tecnica ci ha consentito di integrare i dati esistenti per trovare connessioni o schemi che altri potrebbero avere perso", ha aggiunto Cusick.
Usando questo approccio, i ricercatori hanno ristretto la lista del candidato del cancro al seno-suscettibilità geni di alcune migliaia a circa 150. All'interno di tale gruppo più piccolo, hanno classificato i geni a seconda di come la loro attività a stretto contatto simile a quella dei quattro hub e quindi come è probabile che a giocare un ruolo nella malattia. La più alta in classifica gene che non era stato precedentemente studiato è stato uno HMMR chiamato.
La conferma della validità dell'elenco came casualmente, quando i ricercatori nel laboratorio del Dana-Farber David Livingston, MD, ha identificato due geni come potenzialmente correlati al cancro della mammella. Entrambi erano in cima alla lista della squadra.
Sorprendentemente, uno di questi geni si rivelò essere la versione rana di HMMR. Studi biochimici di entrambe le proteine umane e la rana, effettuata dal laboratorio Livingston, ha confermato l'associazione di BRCA1 e HMMR.