En av de mange ukjente som møter kvinner som er diagnostisert med brystkreft er å forutsi sannsynligheten for at kreft vil spre seg til andre deler av kroppen - metastasere.
Forskere fra UC San Diego er ute etter å endre det. UCSD bioteknologi professor Trey Ideker er banebrytende en mer nøyaktig metode for å forutsi risikoen for brystkreft metastasering i individuelle pasienter.
Dette arbeidet vil bli publisert på nettet av tidsskriftet Molecular Systems Biology tirsdag 16. oktober.
Fjernmetastaser er den viktigste dødsårsaken blant brystkreftpasienter, men leger har en hard tid å forutsi om en pasient brystkreft er sannsynlig å spre seg.
Forskerne fra UCSD og Korea Advanced Institute of Science and Technology tok fordel av nye protein interaksjon databaser og identifiserte nettverk av gener fra brystkreftpasienter - snarere enn individuelle gener - som kan brukes til å forutsi om en brystkreft svulst er sannsynlig å spre .
Deres resultater tilby nye mekanistisk innsikt brystkreft metastasering og er mer nøyaktige og reproduserbare enn to sett av individuelle markør gener i dag brukes til å forutsi sannsynligheten for at pasientens bryst kreft vil spre seg.
"Gjennom årene har et stort antall kvinner tålt unødvendig tøffe behandlinger, for eksempel aggressive kjemoterapi, pga manglende evne vårt for å forutsi metastasering risiko med høy nøyaktighet. Ett av våre mål er å forbedre denne situasjonen, "sier Trey Ideker, en bioteknologi professor fra UCSD Jacobs School of Engineering og senior forfatter av den nye studien.
"Det neste skritt er å bekrefte disse resultatene i andre kliniske studier. Det vil være helt avgjørende for å bekrefte funnene våre på andre pasientgrupper data før vi tenker altfor hardt om å bringe denne teknologien til klinikken, "Ideker sa.
Den nye forskningen kan også hjelpe forskerne oppdager sykdomsfremkallende gener og mer presist klassifisere og diagnostisere kreft og andre sykdommer.
"Vårt arbeid støtter forestillingen om at kreft er en sykdom av veier," sa Ideker. "Nøklene for å forstå i det minste noen av disse banene er kodet i protein nettverk."
Den nye studien bruker samme genuttrykk data som brukes i to kjente studier: Vijver et al. i Natur og Wang et al. i Lancet. Hver studie ga et sett med ca 70 enkelt-gen markører som brukes nå på sykehus for å hjelpe forutsi sannsynligheten for brystkreft metastasering.
"Vi så omtrent en 9 prosent økning i metastasering prediksjon nøyaktighet over de to viktigste sett av individuelle genetiske markører," sier Ideker, som forklarte at laget hans hevet metastaserende prediksjon nøyaktighet for brystkreft til omtrent 72 prosent. "Men det er fortsatt rikelig med rom for forbedring," sa han.
"Den store forskjellen mellom vårt arbeid og det arbeidet som er skissert i Vijver og Wang er at vi malte den eksisterende genuttrykk data til nylig tilgjengelige kartene av protein interaksjoner," sa Ideker. Noen referere til disse kartene som "koblingsskjemaer."
Ved å fokusere på hvordan proteiner i cellene samhandle, var forskerne i stand til å se på den samlede atferden av gener som er koblet i funksjonelle nettverk. Denne tilnærmingen forbedret sin evne til å forutsi hvilke svulster ville spre seg.