ゲノムデータの大きい reanalysis は致命的な遺伝子の箱を解決します

見落とされて、メイウエストが推定上言ったよりに見ることはよいです。 これらは今日のゲノムデータ抗夫のための知恵のワードです。

広まったアベイラビリティにもかかわらず見過ごされている、行くデータは検知の目に、異常な洞察力を明らかにすることができます。 そのような物は公共のデータベースからの微生物ゲノムシーケンスの大きい滞貨の接合箇所のゲノムの協会 (雌ジカ JGI) 米国エネルギー省によって組織的分析の例行います。 調査は配列プロセスで用いられる細菌を殺し、作業の微生物レンチを投げる遺伝子を識別しました。 それはまた新しい抗生物質の発見のための可能な作戦を提供します。 これらの調査結果はジャーナル科学の 10 月 19 日の版で出版されます。

実際のところ、プロミスキャスの微生物は発展の生命の樹の種の位置を推論するのに遺伝子を使用して役に立たない考えられたこと遺伝情報をそう容易に共有します。 ここで、雌ジカ JGI の研究者はこの遺伝子の転送に転送に受信者の細菌を殺す遺伝子の識別によって細菌の提供者の種類に関係なく障壁を特徴付けました。 これらの致命的な遺伝子はまた有機体間の発展関係を確認する phylogenic 木の平均を構築するためによりよい基準点を提供します。

「雌ジカ JGI に、私達はほとんどが bioenergy の、およびバイオレメディエーションの循環する前進に関連しているフロンティア、カーボン何百もの異なった微生物から共用利用可能のゲノムを作り出し、作ることを」言いましたディレクター渦 Rubin を、雌ジカ JGI 担当します。 「私達はゲノムを配列することが遺伝子の転送の大きい実験を行なうことのようそれことをである実現しました。 どの遺伝子が配列できなかったか点検によって私達は転送するために検出しました障壁を」。

作戦を配列する産業スケールの 「散弾銃」 DNA は普通処理しやすいフラグメントに有機体の DNA を sheering 含みそれから文化強化として使用されるエシェリヒア属大腸菌の武装を解除された緊張にこれらのフラグメントを挿入することは、ターゲット DNA の巨額の金を育ちます。 Rubin によってこの配列プロセスが 1 つの有機体からの別のものに DNA の伝達をまねることを、水平の遺伝子の転送と呼出されたメカニズム示しました導かれたチームは。 この現象は実際のところ発生しま、他の有機体からの遺伝子を得、使用するように 1 つの有機体がします。 これは動物の極めてまれなイベントの間、微生物に頻繁に発生し、細菌間の抗生の抵抗の急速な広がりのための主要なソースの 1 時です。

「ゲノムを配列するとき、決して全ゲノムを 1 つのパスで再建されて得ません」、 Rubin を言いました。 「アセンブリのギャップを常に得ます。 これは私達がシーケンスの後ろの物語を言うことができるように迷惑、高く、私達にギャップを閉じ、困惑を終えさせます。 私達の進歩はギャップが発生することの理解に致命的」。である大腸菌のである遺伝子が E. に転送することができないのででした

従って 80 のゲノムのギャップを査定するために以上 9十億のヌクレオチドを通してふるい分けられる Rubin および彼の同僚。 彼らは同じ遺伝子により、何回も、エシェリヒア属大腸菌に転送できなかったことを意味するこれらのギャップを引き起こしたことが分りました。

「私達は人々が通常棒に振るビットを使用します、アセンブリの終わりからの私達を保つ情報のギャップ」と Rubin は言いました。 「私達は別のコピーを追加するかまたは表現を微調整すれば、ホストが停止する一組の遺伝子を識別しました。

「私達を提供している間有機体の発展の歴史のレッスンが、今終わりのゲノムのためのショートカットを提案する、私達が」は Rubin を分類した遺伝子言いました。 「さらに、それは広スペクトルの抗生物質の次世代を代表するかもしれない分子を選別するための新しい作戦を提供します。 私達は過剰表現されるある特定の遺伝子をとれば多くの有機体、ちょうどエシェリヒア属大腸菌が、殺害に敏感であると期待します。 私達にほとんどの微生物がそのように」。動作するという強力な証拠があります

http://www.jgi.doe.gov/