É melhor ser analisada ao longo do que esquecido, Mae West supostamente disse. Estas são palavras de sabedoria para dados de genoma-mineiros de hoje.
Dados que passa despercebidos, apesar de sua ampla disponibilidade, podem revelar idéias extraordinárias para os olhos mais exigentes. Tal é o caso de uma análise sistemática por e.u. departamento de energia misto Genome Institute (JGI DOE) de atraso no maciço de sequências de genoma microbiana de bancos de dados públicos. A pesquisa identificou genes que matam as bactérias utilizadas no processo de seqüenciamento e lançar um wrench microbiano nas obras. Ele também oferece uma estratégia possível para a descoberta de novos antibióticos. Estes resultados são publicados na edição de 19 de Outubro da revista Science.
Na natureza, micróbios promíscuos compartilham informação genética tão prontamente que usar genes para inferir sua posição de espécie sobre a árvore da vida evolutiva foi pensado para ser fútil. Agora, pesquisadores DOE JGI têm caracterizado as barreiras para a transferência de genes através da identificação de genes que matam a bactéria destinatário após a transferência, independentemente do tipo de doador bacteriana. Estes genes lethal também fornecem melhores pontos de referência para a construção de árvores filogenéticas — os meios para verificar as relações evolutivas entre organismos.
"At DOE JGI, somos responsáveis pela produção e tornar publicamente disponíveis genomas de centenas de micróbios diferentes, a maioria dos quais é relevante para o avanço das fronteiras da bioenergia, andar de bicicleta de carbono e biorremediação," disse Eddy Rubin, diretor de JGI DOE. "Percebemos que seqüenciamento de genoma é como conduzir um experimento maciço na transferência de genes. Verificando quais genes não poderiam ser sequenciados, descobrimos as barreiras para transferir."
A estratégia de seqüenciamento de DNA de escala industrial "shotgun" normalmente envolve Tosa DNA do organismo em fragmentos gerenciáveis e, em seguida, inserir esses fragmentos para uma estirpe desarmada de e. coli, que é usado como uma cultura de enriquecimento — para crescer em vastas quantidades de ADN do alvo. A equipe liderada por Rubin mostrou que este processo de seqüenciamento imita a transmissão de DNA de um organismo para outro, um mecanismo chamado de transferência horizontal de genes. Este fenômeno ocorre na natureza, permitindo que um organismo adquirir e usar genes de outros organismos. Enquanto este é um evento extremamente raro em animais, ocorrem com freqüência em microorganismos e é uma das principais fontes para a rápida disseminação de resistência a antibióticos entre bactérias.