染色体数据大量再分析解决致死的基因的盒

被查找在比俯视，苏格兰西部推测说最好的。 这些是智慧的字染色体数据矿工的今天。

未被注意，尽管其普遍可用性的数据，可能显示非常答案到这只辩明的眼睛。 这样是一个系统的分析的事例由美国能源部联接染色体学院 (母鹿 JGI) 微生物染色体顺序大量积压从公共数据库的。 这个调查识别杀害在这个排序的进程中使用的细菌并且投掷在工作的微生物板钳的基因。 它也提供在新的抗生素的发现的上一个可能的方法。 这些发现在日记帐科学的 10月 19日编辑被发布。

本质上，混乱微生物那么容易地共享基因信息使用基因推断他们的在演变生物演化谱系图解的种类位置认为是徒劳。 现在，不管细菌服务供应商的种类母鹿的 JGI 研究员分析了障碍对此基因调用通过识别杀害接收细菌在调用的基因。 这些致死的基因为建立系统发生结构树这平均值也提供更好的参考点验证有机体之间的演变关系。

“在母鹿 JGI，我们负责导致和做公共可用的染色体由数百不同的微生物，多数与提前生物能循环边境的碳和生物治疗是相关的”，说漩涡鲁宾，母鹿 JGI 主任。 “我们意识到那排序染色体是象做在基因调用的一次大量试验。 通过检查不可能排序哪些基因，我们发现障碍调用”。

排序方法的工业等级的 “猎枪”脱氧核糖核酸典型地介入 sheering 有机体的脱氧核糖核酸到管理的片段，然后插入这些片段到大肠埃希氏菌被解除武装的张力，使用作为充实文化长大巨大数额目标脱氧核糖核酸。 鲁宾导致的这个小组向显示此排序的进程仿造脱氧核糖核酸传输从一个有机体的到另一个，称水平的基因调用的结构。 此现象发生本质上，允许一个有机体获取和使用从其他有机体的基因。 当这是一个极为少见的活动在动物中时，它在微生物频繁地发生并且是其中一个抗药性阻力迅速传播的主要来源在细菌中的。

“当您排序一条染色体时，您在一通过从未获得全部的染色体重建”，鲁宾说。 “您总是获得在集合的空白。 这是讨厌，消耗大的，并且强迫我们缩小空白和完成这个难题，以便我们能讲在这个顺序后的故事。 我们的突破是在了解空白发生，因为有些基因不可能调用到 E.，杆菌因为他们致死”。

因此通过超过九十亿核苷酸和他的同事被过滤的鲁宾估计在 80 条不同染色体的空白。 他们发现同样基因，多次，导致这些空白，意味他们不可能调用到大肠埃希氏菌。

“我们使用人们通常丢掉的位，保留我们的信息空白从完成集合”，鲁宾说。 “我们识别的一套基因，如果您添加另一个复制或您调整其表达式，主机中断。

“我们分类的基因，当提供我们在这个有机体的演变历史记录的一个课程，现在建议完成的染色体的时一个快捷方式”，鲁宾说。 “另外，它提供筛选的可能代表清楚光谱抗生素的下一代的分子一个新的方法。 我们预计许多有机体，不仅仅大肠埃希氏菌，是易受被杀害，如果他们占去过表示的某些基因。 我们有有力的证据多数微生物正常运行象那样”。

http://www.jgi.doe.gov/