Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski

Den Massiva reanalysisen av genomdata löser fallet av de dödliga generna

Published on October 19, 2007 at 1:05 AM · No Comments

Den är bättre att ses över, än förbisett, Västra Mae sade förmodligen. Dessa är uttrycker av vishet för genomdata-gruvarbetare av i dag.

Data, som går obemärkt, illvilja dess utbredda tillgänglighet, kan avslöja utöver det vanliga inblickar till urskilja synar. Sådan är fallet av en systematisk analys vid U.S.-Avdelningen av Energi som det Gemensamma GenomInstitutet (DOEN JGI) av de massiva inneliggande uppgiftna av den mikrobiella genom ordnar från de offentliga databaserna. Granskningen identifierade gener som dödar bakterierna som används i den processaa ordnande i viss följd och, kastar ett mikrobiellt rycker häftig i arbetena. Den erbjuder också en möjlighetstrategi för upptäckten av nya antibiotikummar. Dessa rön publiceras i den Oct. 19 upplagan av föra journal överVetenskapen.

I natur delar promiskuösa microbes genetisk information så klart att genom att använda gener för att innebära deras art placera på den evolutions- treen av liv tänktes för att vara fruktlöst. Nu har forskare på DOEN JGI karakteriserat barriärer till denna genöverföring, genom att identifiera gener, som dödar den mottagareare bakterien på överföring, utan hänsyn till typen av den bakterie- oljedoseringen. Dessa dödliga gener ger också bättre hänvisar till pekar för byggande av phylogenic trees-hjälpmedel för att verifiera evolutions- förhållanden mellan organismer.

”På DOEN JGI, är vi ansvariga för att producera och danande - som tillgängliga genom från hundratals olika microbes, mest av som är relevant till framflyttning av gränserna av bioenergy, av kol som cyklar och av bioremediation,” sade publicly Virveln Rubin, Direktör för DOE JGI. ”Realiserade Vi att att ordna en genom är något liknande som förar ett massivt experiment i genöverföring. Genom att kontrollera vilka gener inte kunde ordnas, upptäckte vi barriärer för att överföra.”,

Strategin för ordnande i viss följd för industriell-fjäll ”hagelgevär” DNA gäller typisk sheering organism DNA in i medgörliga fragment, och därefter sätta in dessa fragment in i ett avväpnat anstränga av Escherichia Coli, som används som en anrikning kultur-till växer upp vast belopp av uppsätta som målDNAEN. Laget ledde vid Rubin visade att denna ordnande i viss följd processaa imitatörar överföringen av DNA från en organism till another, en mekanism som kallades horisontalgenöverföringen. Detta fenomen uppstår i natur och att låta en organism få och använda gener från andra organismer. Fördriva detta är en extremt sällsynt händelse i djur, uppstår är den vanligt i microorganisms och en av de huvudsakliga källorna för forspridningen av antibiotiskt motstånd bland bakterier.