染色體數據大量再分析解決致死的基因的盒

被查找在比俯視，蘇格蘭西部推測說最好的。 這些是智慧的字染色體數據礦工的今天。

未被注意，儘管其普遍可用性的數據，可能顯示非常答案到這隻辯明的眼睛。 這樣是一個系統的分析的事例由美國能源部聯接染色體學院 (母鹿 JGI) 微生物染色體順序大量積壓從公共數據庫的。 這個調查識別殺害在這個排序的進程中使用的細菌并且投擲在工作的微生物板鉗的基因。 它也提供在新的抗生素的發現的上一個可能的方法。 這些發現在日記帳科學的 10月 19日編輯被發布。

本質上，混亂微生物那麼容易地共享基因信息使用基因推斷他們的在演變生物演化譜系圖解的種類位置認為是徒勞。 現在，不管細菌服務供應商的種類母鹿的 JGI 研究員分析了障礙對此基因調用通過識別殺害接收細菌在調用的基因。 這些致死的基因為建立系統發生結構樹這平均值也提供更好的參考點驗證有機體之間的演變關係。

「在母鹿 JGI，我們負責導致和做公共可用的染色體由數百不同的微生物，多數與提前生物能循環邊境的碳和生物治療是相關的」，說漩渦魯賓，母鹿 JGI 主任。 「我們意識到那排序染色體是像做在基因調用的一次大量試驗。 通過檢查不可能排序哪些基因，我們發現障礙調用」。

排序方法的工業等級的 「獵槍」脫氧核糖核酸典型地介入 sheering 有機體的脫氧核糖核酸到管理的片段，然後插入這些片段到大腸埃希氏菌被解除武裝的張力，使用作為充實文化長大巨大數額目標脫氧核糖核酸。 魯賓導致的這個小組向顯示此排序的進程仿造脫氧核糖核酸傳輸從一個有機體的到另一個，稱水平的基因調用的結構。 此現象發生本質上，允許一個有機體獲取和使用從其他有機體的基因。 當這是一個極為少見的活動在動物中時，它在微生物頻繁地發生并且是其中一個抗藥性阻力迅速傳播的主要來源在細菌中的。

「當您排序一條染色體時，您在一通過從未獲得全部的染色體重建」，魯賓說。 「您總是獲得在集合的空白。 這是討厭，消耗大的，并且強迫我們縮小空白和完成這個難題，以便我們能講在這個順序後的故事。 我們的突破是在瞭解空白發生，因為有些基因不可能調用到 E.，桿菌因為他們致死」。

因此通過超過九十億核苷酸和他的同事被過濾的魯賓估計在 80 條不同染色體的空白。 他們發現同樣基因，多次，導致這些空白，意味他們不可能調用到大腸埃希氏菌。

「我們使用人們通常丟掉的位，保留我們的信息空白從完成集合」，魯賓說。 「我們識別的一套基因，如果您添加另一個複製或您調整其表達式，主機中斷。

「我們分類的基因，當提供我們在這個有機體的演變歷史記錄的一個課程，現在建議完成的染色體的時一個快捷方式」，魯賓說。 「另外，它提供篩選的可能代表清楚光譜抗生素的下一代的分子一個新的方法。 我們預計許多有機體，不僅僅大腸埃希氏菌，是易受被殺害，如果他們佔去過表示的某些基因。 我們有有力的證據多數微生物正常運行像那樣」。

http://www.jgi.doe.gov/