La Misura del tasto in un blocco può sembrare come un compito semplice, ma i ricercatori alla Texas A&M University stanno usando un metodo che comprende verificare migliaia di tasti per aprire le funzioni degli enzimi ed i loro risultati potrebbero aprire la porta per i nuovi obiettivi per le progettazioni della droga.
Il ricercatore Frank Raushel del Texas A&M fa parte di un gruppo degli scienziati che hanno modificato una tecnica chiamata “aggancio molecolare„ per predire quale molecola, chiamata un substrato, avvia un enzima in atto, permettendo loro di decifrare la funzione degli enzimi basata sulla sua struttura da solo.
Il documento del gruppo è stato pubblicato nella Natura del giornale.
La Maggior Parte dei trattamenti biologici dipendono dagli enzimi, che sono proteine che accelerano le reazioni chimiche, ma la funzione di molti enzimi rimane un mistero.
“Ci sono migliaia di molecole che potrebbero essere substrati [per un enzima specifico] e catturerebbe troppo lungamente per provarli fisicamente tutte,„ Raushel ha detto. “Così abbiamo deciso che c'era una necessità per un nuovo metodo di determinare la funzione degli enzimi.„
Il gruppo ha cominciato con la struttura tridimensionale dei Raggi X di un enzima e poi ha utilizzato un computer per provare ad inserire le più piccole molecole differenti nel sito attivo dell'enzima come i pezzi in un puzzle.
“Ogni enzima ha una dimensione e una forma specifiche,„ Raushel ha detto, “e potete utilizzare un computer per catturare le piccole molecole ed inserito loro nel sito attivo di un enzima uno per uno e segnarle sopra come si sono adattate. È più o meno come la misura del tasto in un blocco, ma molto più difficile poiché sia l'enzima che il substrato sono conformationally flessibili.„
Dopo Che il computer segna le molecole sopra come misura l'enzima, allinea il loro ordine ed i ricercatori possono poi usare la lista prioritaria a per decidere quali molecole da provare fisicamente.
“Per quanto sappiamo, questo è la prima volta qualcuno ha usato l'aggancio molecolare per predire la funzione di un enzima,„ Raushel ha detto. “Ed è stato verificato sia dall'esperimento che dalla Cristallografia a raggi x.„
L'Altro uso dei ricercatori di metodi provare a determinare la funzione degli enzimi o la specificità del substrato comprende migliaia fisicamente difficili di molecole possibili, riunendo le informazioni dai geni vicini e paragonando la struttura dell'enzima a quella di altri enzimi alle funzioni conosciute. “Penso che alla fine, dobbiamo usare insieme tutti questi metodi,„ Raushel ho detto. “Un singolo metodo non basterà appena.„