Используя суперкомпьютеры для того чтобы сравнить части людского генома с тем из других млекопитающих, исследователя на Корнелле открывали некоторые 300 ранее неопознанных людских генов, и считали выдвижения нескольк 100 генов уже.
Открытие основано на идее которая по мере того как организмы эволюционируют, разделы генетического Кода которые делают что-то полезное для изменения организма в другой способ.
Исследование сообщено ассистентом профессора Адама Siepel, Корнелла биологических статистик и вычислительной биологии, исследователем Brona Brejova Корнелла postdoctoral и коллегаами на нескольких других заведений в он-лайн версии Исследования Генома журнала, и оно появится в вариант печати в Декабрь.
Полный людской геном был sequenced несколько лет тому назад, но то просто значит что знаны вызванный заказ 3 миллиарда или так химические части, основаниями, которые составляют генетический Код. Что остает идентификация точного расположения всех коротких разделов которые кодируют для протеинов или выполняют регламентационно или других функций.
Больше чем были определены 20.000 генов протеин-кодирвоания, так вклад Корнелла, пока значительно, драматически не изменяют число известных генов. Что важно, исследователя говорят, что их выставки открытия там все еще смогли быть еще многие генов которые были пропущены используя настоящие биологические методы. Эти методы очень эффективны на находить гены которые широко выражены но могут пропустить те которые выражены только в некоторых тканях или на ранних стадиях зародышевого развития, Siepel сказало.
«Что exciting использует развитие для того чтобы определить эти гены,» Siepel сказало. «Развитие делало этот эксперимент для миллионов лет. Компьютер наш микроскоп для того чтобы наблюдать результатами.»
4 различных основания -- обыкновенно сослал к письмам G, C, A и T -- составьте ДНА. 3 основания в рядке могут закодировать для аминокислоты (строительных блоков протеинов), и строка этих Кодов 3-письма может быть геном, кодируя для строки аминокислот которые клетка может сделать в протеин.
Siepel и коллегаы установленные вне для того чтобы найти гены которые «были сохранены» -- то основное к всей жизни и то оставалось этими же, или почти так, над миллионами лет развития.
Исследователя начали при «выравнивания» открынные другими работниками -- протягивает до нескольк тысячи оснований длиной которые главным образом похожий через два или больше виды. Используя группы широкомасштабного компьютера, включая группу 850 узлов на Центре Корнелла для Предварительный Вычислять, исследователя работали 3 различных конструкции алгоритмов, или вычислять -- одно чего Siepel создалось -- сравнить эти выравнивания между человеком, мышью, крысой и цыпленком в различных комбинациях.
Над миллионами лет, индивидуальные основания можно обменить -- C к G, T к A, например -- повреждением или miscopying. Изменяет которое изменяет структуру протеина может убить организм или послать его вниз с путя тупика постепеновского. Но сохраненные гены содержат только незначительные перемены которые выходят протеин способным сделать свою работу. Компьютер искал зоны с теми видами изменений путем создавать математически модель как ген мог изменить, после этого ища соответствует к этой модели.
После исключать прогнозы которые соответствовали уже известным генам, исследователя испытали остаток в лаборатории, доказывая что много из генов смогли в действительности быть найдены в образцах людской ткани и смогли закодировать для протеинов. Исследователя могли иногда определить протеины в сравнении с базами данных известных протеинов. Открынные гены главным образом должны сделать с деятельностью при мотора, прилипанием клетки, соединительной тканью и развитием центральной системы, функциями которые могли быть предположены, что будут общими к много различных тварей.
Весь проект, от здания и испытания математически модели к испытывать окончательные лабораторные исследования, принял около 3 лет, Siepel сказало. Работа была поддержана Национальным Институтом Раковых Заболеваний, Профессиональной Карьерой Grant Национального фонда Предыдущей и стипендией исследования студент-выпускника Университета Штата Калифорнии.
http://www.cornell.edu/