Iyong ina palaging sinabi mo na gawin ang iyong mga araling-bahay sa geometry, at para sa mga siyentipiko na naghahanap sa mga bagong paggamot para sa mga sakit tulad ng Parkinson at Alzheimer ay, payo na ito ay lumiliko out karapatan sa ang markahan.
Sa atomic-level na landscape ng mga proteins, hugis ay tumutukoy sa lahat-ng-mahalagang katangian ng mga molecule ng buhay. Halimbawa, kapag ang Molekyul isang protina na responsable para sa Parkinson ay binds sa lamad cell, ay isang bagong gamot kandidato matakpan ang pakikipag-ugnayan - na pumipigil sa sakit pagpapatuloy at pagprotekta ng pasyente? Ito lahat ay nakasalalay sa ang tumpak na geometry at lakas ng mga protina na ang kaayusan.
Researcher Igor Tsigelny at kasamahan sa Supercomputer ang San Diego Center (SDSC) at UC San Diego ay nakabuo ng isang bagong tool na kilala bilang MAPAS (lamad Kaugnay na mga pagtasa ng protina) na harnesses ang kapangyarihan ng mga supercomputers sa SDSC at Argonne Pambansang Laboratory sa pag-aaral kung paano ang mga proteins contact cell membranes. Ito ay lumiliko out na ang tatlong-dimensional "virtual molecular mundo" ay masyadong magandang sa pagpapaalam mananaliksik zoom in sa mga key detalye ng ito lahat-mahalagang proseso contact, hawak out ang pangako ng mga bagong paggamot para sa isang malawak na hanay ng mga nagwawasak sakit, mula sa Parkinson ay at Alzheimer ng sakit sa bato at kanser.
"Ito ay lubos na mahalaga upang galugarin ang mga istraktura na mga detalye ng zone na kung saan ang mga protina ang mga contact na ang lamad upang maaari naming maunawaan ang mga molecular na mga mekanismo ng development ng sakit," sabi Tsigelny. "Kaalaman na ito ay nagbibigay ng mahalagang gabay sa pagpili kung saan sa mga maraming posibleng compounds ay malamang na gawin nang maayos sa mga pagsusulit upang mamagitan sa mga tulad na protina-lamad pakikipag-ugnayan at matulungan ang tinatrato ang mga sakit."
Ang mga mananaliksik ay ilarawan ang mga bagong tool MAPAS sa Pebrero 2008 (vol. 5 walang 2) online na edisyon ng mga Paraan ng Kalikasan. Sa karagdagan sa Tsigelny, ang iba pang mga may-akda, na ang lahat sa UCSD, isama Yuriy Sharikov, Ross Walker, Jerry Greenberg, Valentina Kouznetsova, Sanjay Nigam, Mark Miller, at Eliezer Masliah.
Sa pag-aaral ng isang protina, ang tradisyunal na diskarte ay upang gawing kristal ang mga ito at pagkatapos ay maipaliwanag ang mga ito sa mga X-rays, na magbubunga ng impormasyon tungkol nito tatlong-dimensional geometry, o "istraktura ng protina." Subalit ang pamamaraang ito ay may mahusay na nahihirapan sa pagtukoy ng mga key na bahagi ng isang ng protina na lumahok sa lamad contact.
"Iyan ay kung bakit ito ay napakahalaga sa magagawang upang mahulaan ang mga contact ng mga ibabaw ng protina theoretically, gamit ang isang computer program na tulad namin na binuo," sabi Tsigelny.
Sa paggawa ng kanyang mga paghuhula, MAPAS nagsisimula sa isang simpleng ideya mula sa geometry. Dahil ang isang indibidwal na Molekyul protina ay kaya mas maliit kaysa sa isang ikot cell, ang cell lamad Mukhang isang patag na ibabaw ng protina ang approach na ito - tulad ng spherical lupa lilitaw flat sa isang tao na naglalakad sa dito. Ang diskarte na ito ay nagbibigay-daan sa ang mga mananaliksik upang mas mahusay na kalkulahin ang istruktura impormasyon na sila ay naghahanap ng.