Biologen zijn de ontwikkeling van steeds meer geavanceerde middelen om moleculaire interacties in levende systemen te karakteriseren.
Maar een nieuwe studie suggereert dat veel van de interacties gedetecteerd door een veel gebruikte experimentele methode functioneel irrelevant.
ChIP-chip is een "hot-techniek" in de biologie, waardoor wetenschappers om de binding tussen regulatorische proteïnen en genen te visualiseren en daarmee onderzoek naar de mechanismen en controles die opereren als een organisme ontstaat uit een bevruchte eicel tot een ingewikkelde volwassene. Echter, een nieuwe studie gepubliceerd in PLoS Biology van deze week laat zien dat er veel meer van deze bindende gebeurtenissen dan verwacht en dat de meeste van hen blijken niet betrokken te zijn in genexpressie.
De fruitvlieg is een belangrijk model voor de studie van de ontwikkeling, het proces waarbij embryonale cellen in staat zijn zich te vermenigvuldigen en vormen drie-dimensionale structuren die uiteindelijk weefsels, organen en uiteindelijk hele organismen. De blauwdrukken voor deze transformatie zijn gecodeerd in de genen van elke cel, en worden "voorgelezen" door grote netwerken van regelgevende eiwitten genaamd transcriptiefactoren, die bepalen waar en wanneer genen worden uitgedrukt.
Het is algemeen aangenomen dat transcriptiefactoren zijn gericht op een beperkte set van genen en dat ze reguleren uitdrukking waar ze ook zijn gebonden. Echter, een team van onderzoekers van het Lawrence Berkeley National Lab en de Universiteit van Californië in Berkeley, onder leiding van Mark Biggin en Michael Eisen, vond dat er duizenden van regio's reproduceerbaar gebonden door elke factor. "Dit is enkele ordes van grootte meer genen dan deze factoren wordt gedacht dat regelen", zei Eisen, "het verhogen van de vraag wat de functie van de binding is."