Biologer utvecklar allt mer sofistikerade metoder för att karakterisera molekylära interaktioner i levande system.
Men en ny studie tyder på att många av de interaktioner som upptäckts av en allmänt använd experimentell metod är funktionellt irrelevant.
Chip-chip är en "het teknik" i biologi, vilket gör att forskare för att visualisera bindningen mellan reglerande proteiner och gener och därmed undersöka mekanismerna och kontroller som fungerar som en organism utvecklas från ett befruktat ägg till en komplicerad vuxen. Emellertid visar en ny studie som publiceras i denna veckas PLoS Biology att det finns många fler av dessa bindande arrangemang än väntat och att de flesta av dem verkar inte vara inblandade i genuttryck.
Bananfluga är en viktig modell för att studera utvecklingen, den process genom vilken embryonala celler kan föröka sig och bilda tredimensionella strukturer som så småningom bli vävnader, organ och till slut hela organismer. Ritningarna till denna förändring är kodade i generna i varje cell, och "läsa ut" av stora nätverk av reglerande proteiner som kallas transkriptionsfaktorer, som styr var och när gener uttrycks.
Det har allmänt antagit att transkriptionsfaktorer är riktade till en begränsad uppsättning gener och att de reglerar uttryck oavsett var de är bundna. Fann dock ett team av forskare från Lawrence Berkeley National Lab och University of California i Berkeley, som leds av Mark Biggin och Michael Eisen, att det finns tusentals av regioner reproducerbart bunden av varje faktor. "Detta är flera tiopotenser fler gener än dessa faktorer är tänkt att reglera", säger Eisen, "Raising frågan om vad funktionen av bindningen är."