Wellcome Trust Sanger Institute wetenschappers hebben ontwikkeld, een nieuwe grootschalige methode om de interacties tussen eiwitten die een belangrijk doelwit voor therapeutische interventie te identificeren.
De nieuwe methode kan identificeren van de zwakke, korte duur interacties die kenmerkend zijn voor cel-reacties op signalen uit de omgeving of vanuit het lichaam.
Cel-oppervlakte-eiwitten zijn doelen voor veel medicijnen en staan centraal in veel processen van de cel regelgeving, zoals sommige kanker medicijnen, diabetes, en groei. Het team hopen dat de methode veel belangrijke interacties die onzichtbaar zijn voor de huidige detectiemethoden te ontdekken.
Veel eiwitten fungeren als moleculaire schakelaars, reageren op signalen en het activeren van specifieke genen of specifieke cel processen. Met behulp van biochemische trucs om de kans op het opsporen van de voorbijgaande en zwak, maar potentieel belangrijke, interacties te verhogen, de wetenschappers beschrijven 17 nieuwe paren van interacties in zoogdiercellen.
"Als een genoom is de code voor het leven, interacties tussen eiwitten zijn de communicatie-systeem - het internet van ons lichaam", verklaart Dr Gavin Wright, Junior Investigator bij de Wellcome Trust Sanger Institute. "De uitdaging waar we voor staan is dat de huidige methodes niet efficiënt kunnen detecteren interacties op de plaats waar de communicatie begint: het celoppervlak, noch kunnen ze betrouwbaar detecteren van voorbijgaande aard zwakke interacties.
"Onze nieuwe methode verandert de grootschalige zoektocht naar deze belangrijke interacties."
In tegenstelling tot DNA-sequencing, waarbij methoden zijn gemeenschappelijk voor alle organismen, is er geen een benadering die een wereldwijde pasvorm geeft voor alle diverse eiwit-eiwit interacties. De nieuwe methode, genaamd AVEXIS, moet van toepassing zijn op interacties op het celoppervlak in vele organismen.
Drug targets zijn vaak eiwitten op het oppervlak van de cel, omdat ze gemakkelijk toegankelijk zijn voor drugs, in tegenstelling tot eiwitten binnen onze cellen. Helaas is de huidige catalogus van bekende eiwit interacties weg bevooroordeelde van deze eiwitten simpelweg omdat er geen efficiënte methode om ze te onderzoeken. Effectief, een strook van klinisch belangrijke doelstellingen is onzichtbaar voor onderzoek.
"AVEXIS nu laat ons toe om de jacht op schaal voor biologisch en klinisch belangrijke eiwit-eiwit interacties," vervolgt Dr Wright. "Deze interacties zijn als Velcro ® - elke haak kan slechts zwak binden, maar samen kunnen ze een zeer sterk effect hebben we de kracht door het verzamelen van de eiwitten samen, als in een klein stukje Velcro ®.. '
Het team geïdentificeerde niet eerder beschreven interacties in een klasse van eiwitten genaamd de immunoglobuline superfamilie: deze groep van eiwitten aandelen eigenschappen die belangrijk zijn om cellen te reageren op hun omgeving, met elkaar praten en elkaar blijven. Gebruik van menselijke eiwitten en zebravis als model, de Sanger Institute onderzoekers keken naar interacties tussen 110 eiwitten in deze superfamilie - een totaal van meer dan 6000 experimenten.