In caso di un focolaio o di un attentato bioterroristico, rapida identificazione delle variazioni genetiche responsabili della virulenza o resistenza ai farmaci è fondamentale per preparare una reazione efficace.
Sequenziamento del DNA standard e l'analisi del genoma di un agente patogeno è tempo ed è probabilmente impraticabile durante l'emergenza. I ricercatori hanno ora messo a punto una strategia di genomica comparativa per ridurre drasticamente il tempo necessario per identificare con precisione unica proprietà genetiche di un ceppo potenziale focolaio. Questa relazione, che dimostra l'approccio con tecnologia di prossima generazione di sequenziamento, è stato pubblicato oggi online Genome Research ( www.genome.org ).
Sanger sequenziamento del DNA, la tecnologia consolidata utilizzato per sequenziare il genoma di molte specie, compreso il genoma degli esseri umani e centinaia di batteri, potrebbero essere utilizzati per la sequenza e analizzare un nuovo agente patogeno umano. Tuttavia, il tempo necessario per il sequenziamento e la successiva analisi, o "rifinitura", è tale che questo approccio non è possibile quando una risposta rapida a un focolaio o di un attacco bioterroristico è richiesto. Nuove tecnologie di sequenziamento sono ora disponibili, consentendo un intero genoma batterico essere sequenziato in diverse ore, ma fasi di finitura tempo ad alta intensità sono ancora necessari per determinare la sequenza completa del genoma.
In questo studio, i ricercatori guidati dal dott. Bernard La Scola e Didier Raoult, dell'Università del Mediterraneo di cui per determinare se un genoma incompleto sequenziato in rapida potrebbero essere utilizzati per caratterizzare rapidamente un ceppo epidemico con l'analisi comparativa. "Nel contesto di un'epidemia, un approccio rapido potrebbe aiutare a identificare immediatamente i determinanti genetici responsabili della virulenza modificata o della trasmissione, spiega La Scola. "L'obiettivo di questo lavoro è stato quello di valutare la tecnologia da poco disponibile pirosequenziamento automatizzati senza finire per questo scopo."