新しい作戦は急速に次世代 DNA の配列を用いる発生の緊張を記述します

発生か生物兵器テロリストの攻撃の場合に、毒性か薬剤耐性に責任がある遺伝の変更の急速な識別は有効な応答の取付けに必要です。

病原体のゲノムの標準 DNA の配列および分析はタイム集中的および多分緊急事態の間に実際的でないです。 研究者は今徹底的に必要な正確に潜在的な発生の緊張の一義的な遺伝の特性を識別するために時間を減らすように比較ゲノミクスの作戦を開発してしまいました。 次世代の配列の技術を使用してアプローチを示すこのレポートはオンライン今日ゲノムの研究 (www.genome.org) の出版されます。

Sanger DNA の配列、多くの種類のゲノムを、ゲノムの人間および何百もの細菌を含む配列するのに使用された確立された技術は新しい人間の病原体を配列し、分析するのに可能性としては使用できます。 ただし、配列およびそれに続く分析、または 「終わりに必要な時間は」発生または生物兵器テロリストの攻撃への急速な応答が必要となるときこのアプローチが実行可能ではないことそのような物です。 新しい配列の技術は今使用できまが、数時間に配列されるように全体の細菌のゲノムがしますタイム集中的な仕上げのステップはまだ完全なゲノムシーケンスを定めるために必要となります。

この調査では、 Drs によって導かれる研究者。 すぐに発生の緊張を特徴付けるのに急速に配列された不完全なゲノムが比較分析によって使用できるかどうか定めるために着手される内陸の大学の Bernard の La Scola およびディディエ Raoult。 「発生という点において、速いアプローチは修正された毒性に責任がある遺伝の決定要因のすぐに識別を助けるかもしれませんまたは伝達は、 La Scola を説明します。 「この作業の目標このために終わらないで最近使用できる自動化された pyrosequencing 技術を評価することでした」。は

F. の tularensis、 tularemia の原因となる病原体は、知られている伝染性の細菌の 1 つでありこの有機体が細菌兵器として使用のために処理できるという特別な関心があります。 La Scola および同僚はシステムを配列する Roche/454 生命科学 GS20 を使用している tularemia の患者から隔離された緊張を配列し減らされた pathogencity および antiobiotic 抵抗力がある緊張の緊張を含む F. の tularensis の他の複数の緊張とこれらのシーケンスを、比較しました。

研究者は効果的に使用できることを F. の tularensis の臨床緊張の複数の一義的な機能を数週間の内に識別するのに終わらないで細菌のゲノムの次世代の配列がことを示しました。 「この作戦の使用によってプロジェクトで動作する bioinformaticians の十分な番号があれば、ゲノムの完全解析への DNA の抽出は」記述します La Scola をおよそ 6 週を取る場合があります。 「私達はこの作戦が抗生の抵抗に責任がある遺伝子の修正のような遺伝子の多形を検出して効率的だった遺伝物質の損失」。ことを示し なお、 La Scola および同僚は F. の tularensis の 80 の他の緊張と臨床緊張を区別できました。

技術を配列する高スループットおよびこの作業で輪郭を描かれる比較 genomic 解析戦略がかなり発生の緊張の性格描写に必要な時間を減らす間、シーケンスデータ解析およびゲノムの比較のためのソフトウェアの未来の前進が促進するプロセスを高速化できることに La Scola は注意します。

http://www.cshl.org/