I händelse av ett utbrott eller en biologisk terrorattack är snabb identifiering av genetiska förändringar som ansvarar för virulens och resistens viktigt att montera en effektiv insats.
Standard DNA-sekvensering och analys av en patogen genomet är tidskrävande och sannolikt opraktiska i en nödsituation. Forskare har nu utvecklat en komparativ genomik strategi att drastiskt minska den tid som behövs för att exakt identifiera unika genetiska egenskaper hos en potentiell utbrott stam. Denna rapport, som visar metod att använda nästa generations sekvensering teknik, publiceras online i Genome Research ( www.genome.org ).
Sanger DNA-sekvensering, den etablerade teknik som används för sekvens av genomen hos många arter, bland annat kartläggningen av människor och hundratals bakterier, skulle kunna användas för att sekvens och analysera en ny mänsklig patogen. Men den tid som krävs för sekvensering och efterföljande analys, eller "efterbehandling" är sådan att detta tillvägagångssätt inte är möjligt när en snabb reaktion på ett utbrott eller biologisk terrorattack krävs. Nya sekvensering teknik finns nu tillgängliga, vilket gör att en hel bakteriella genomet att sekvenseras i flera timmar, men tidskrävande efterbehandling steg behövs fortfarande för att bestämma den fullständiga arvsmassa.
I denna studie, ledd forskare av Dr. Bernard La Scola och Didier Raoult vid universitetet i Medelhavsområdet som anges för att avgöra om ett snabbt ordnat ofullständiga genomet kan användas för att snabbt karakterisera ett utbrott stam av jämförande analys. "I samband med ett utbrott, kan en snabb metod hjälper till att identifiera omedelbart den genetiska faktorer svarar för modifierade virulens eller överföring, förklarar La Scola. "Syftet med detta arbete var att utvärdera de senaste tillgängliga automatiserade teknologin Pyrosequencing utan att avsluta för detta ändamål."